コンプリートなゲノムのダウンロード。
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt
awk -F '\t' '{if($12=="Complete Genome") print $20}' assembly_summary.txt > assembly_summary_complete_genomes.txt
mkdir bacteria_genome
for next in $(cat assembly_summary_complete_genomes.txt); do wget -P bacteria_genome "$next"/*genomic.fna.gz; done
gunzip bacteria_genome/*.gz
blastデータベースの作成
cat *.fna > all_complete_bacteria.fna
makeblastdb -in all_complete_bacteria.fna -parse_seqids -dbtype nucl -title bacteria -out bacteria
- -parse_seqids Option to parse seqid for FASTA input if set, for all other input types seqids are parsed automatically
- -title Title for BLAST database Default = input file name provided to -in argument
追記
kblinさんのツールも役立ちそうです。
またはEnsemblから全ゲノムをダウンロードする。
rsync -av rsync://ftp.ensembl.org/ensembl/pub/current_fasta/*/dna/*.dna.toplevel.fa.gz ./
引用
Biostar
https://www.biostars.org/p/61081/
Download All The Bacterial Genomes From Ncbi
http://www.metagenomics.wiki/tools/fastq/ncbi-ftp-genome-download
