メタゲノム解析はここ数年、目覚しい発展を遂げた。今日、遺伝子配列決定の専門家だけでなく、他の専門分野の多くの研究室が、臨床サンプルや環境サンプルから得られたDNA配列を解析する必要がある。メタゲノム解析データの系統解析は、生物学者やバイオインフォマティシャンにとって重要な課題となっている。AMPHORAプログラムとそのワークフロー版は、メタゲノム・データに対して信頼性の高い系統解析結果をもたらす、一般に公開されているソフトウェアの一例である。
このウェブサーバーはAMPHORA2ワークフローに基づいており、入力されたメタゲノム試料で見つかった各系統マーカー遺伝子に対して、確率的に重み付けされた分類群を割り当てることができる使い勝手の良いウェブサーバーである。分子生物学者の多くは、BLASTプログラムとそのクローンをローカルにインストールするのではなく、公共のウェブサーバー上で使用しているため、このバージョンでは、AMPHORA2スイートのすべてのコンポーネントの時間のかかるインストールやLinux環境の専門知識が必要ない。ウェブサーバーは、登録は不要でhttp://amphoranet.pitgroup.org で自由に利用できる。
HPより
AmphoraNetは、31の細菌と104の古細菌のタンパク質コードマーカー遺伝子を用いて、メタゲノムおよびゲノムの系統分類を行います。これらのほとんどはシングルコピー遺伝子であるため、メタゲノムショットガンシーケンスデータからバクテリアおよび古細菌群集の分類学的構成を推定するのに適しています。
Online Tools
https://pitgroup.org/amphoranet/にアクセスする。
FASTAファイル を指定し（最大300MB）、入力データの種類、検索したいマーカー遺伝子の種類を指定する。
Check values "ボタンをクリックする。
問題がなければ、Schedule jobボタンをクリックする。
出力
3つのファイル（入力ファイル、マーカー遺伝子ファイル、結果ファイル）をダウンロードできる。
zip形式でダウンロードできるマーカー遺伝子ファイルには、発見された系統マーカー遺伝子のタンパク質配列が含まれている。
taxonomic profiling - 同定された各系統マーカー遺伝子のphylotypesが含まれるタブ区切りテキストファイル。
（カッコ内の数値は信頼度スコア）
このマーカー遺伝子ごとのtaxonomic profilingテキストは、AmphoraVizuwebサーバーにアップロードすることで、任意のtaxonomic rankの割合を視覚化できる。
AmphoraVizu
https://pitgroup.org/amphoravizu/にアクセスする。
taxonomic profilingテキストを指定する。詳細から、表示モード、信頼度の下限、平均シェア、タイトルを選択できる。
図はDownload as HTMLボタンからHTML形式でダウンロードする。
引用
AmphoraNet: the webserver implementation of the AMPHORA2 metagenomic workflow suite
Csaba Kerepesi, Dániel Bánky, Vince Grolmusz
Gene. 2014 Jan 10;533(2):538-40
Visual Analysis of the Quantitative Composition of Metagenomic Communities: the AmphoraVizu Webserver
Csaba Kerepesi, Balázs Szalkai & Vince Grolmusz
Microbial Ecology volume 69, pages695–697 (2015)
