大規模な系統樹を探索するためのウェブベースのツール Taxonium

2022/06/11 誤字修正

　COVID-19の大流行により、シークエンスデータの規模が一変し、SARS-CoV-2のゲノムは地球上のどの生物よりも多く配列決定された。これまでの系統樹探索のためのウェブベースのツールは、この規模の樹に直接スケールアップすることができなかった。本著者らは、WebGLを使用して、数千万ノードの系統樹を探索できる新しいツール、Taxoniumを開発した。Taxoniumは、突然変異を注釈した系統樹を可視化し、各内部ノードの遺伝子型を表示し、各ノードを関連するメタデータにリンクすることができる。オプションのサーバーサイドバックエンドにより、広く利用されているデータセットを迅速にロードすることができる。また、クライアントのみのモードでは、ニッチなデータや機密性の高いデータを探索することができる。Taxoniumはオープンソースのツールであり、どんな大きなツリーにも適用することができる。500万以上のSARS-CoV-2配列の公開系統樹を探索するためのアプリケーションを http://cov2tree.org で、より広範なTaxoniumツールを http://taxonium.org で、ソースコードを https://github.com/theosanderson/taxonium で提供している。

（マニュアルより）特にTaxoniumは、変異が注釈された系統樹に適用すると、特に威力を発揮する（ツイート）。このような系統樹では、突然変異を検索したり、遺伝子型を表示したりすることができます。このような系統樹は、しばしば UShER で生成されます。このような系統樹作成方法については、UShERのドキュメントを参照してください（UShERは、既存の系統樹にサンプルを迅速かつ正確に配置するためのプログラム）。

既存のSARS-CoV-2系統樹に注釈を付けたい場合もあると考えられる。UShERチームによってあらかじめ構築されたMATもダウンロードでき、taxonium_to_usherを使って自分のメタデータを追加することができる。

documentation

https://docs.taxonium.org/en/latest/

TaxoniumTools

https://docs.taxonium.org/en/latest/taxoniumtools.html

GIthub

🌲🧬Announcing the release of https://t.co/ATqYFdR5dC 2.0, and a new preprint!
The pandemic has seen an unprecented scale of sequencing. 11 million SARS-CoV-2 genomes are now available! Taxonium is the first tool to let you explore trees of this size. 🧵https://t.co/39CVDq4fHZ pic.twitter.com/OSWMMNpRzC
— Theo Sanderson (@theosanderson) June 6, 2022

I've always described Taxonium as being like Google Earth for viral sequences: providing the ability to zoom right in on any sequence in a phylogeny of millions.
— Theo Sanderson (@theosanderson) June 6, 2022

Taxonium 2.0 adds a server-backed mode, where your computer only downloads the information it needs to display the visible tree, then downloads more data as needed as you zoom in on a particular area, or perform searches. So https://t.co/m8MusGFkpI loads quickly, even on a 📱. pic.twitter.com/7ZEXHBDq0n
— Theo Sanderson (@theosanderson) June 6, 2022

Taxonium

http://taxonium.orgにアクセスする。