Genome detectiveは、次世代シーケンサーのデータセットから既知の全てのウイルスゲノムを迅速かつ正確にアセンブルする、ウェブベースの使いやすいソフトウェアアプリケーションである。このアプリケーションでは、アセンブルされたFASTA形式のゲノム配列から系統クラスターや遺伝子型を同定することができる。2019年のリリース以来、ジカ熱やブラジルの黄熱病ウイルスなど、大規模なアウトブレイクを引き起こしたエマージェンシーウイルスのタイピングツールを多数制作している。ここでは、中国や世界中で分離された新規のsevere acute respiratory syndrome (SARS)-related coronavirus (SARS-CoV-2) の配列を正確に特定できる「Genome Detective Coronavirus Typing Tool」を紹介する。このツールは、1回のサブミットで最大2000件の配列を受け付け、新しい全ゲノム配列の解析には約1分かかる。このツールは、10種のコロナウイルスの数百の全ゲノムを用いてテスト・検証されており、SARSr-CoVのすべてと、SARS-CoV-2の公開データのすべてを正しく分類した。また、このツールにより、アウトブレイクが世界的に拡大する中で、新たなウイルスの変異を追跡することが可能となり、COVID-19 diseaseを阻止するための新規診断法、薬剤、ワクチンの開発を加速させることができると期待される。
プレミアムアカウントについて（HPより）
Genome Detective Coronavirus Typing Toolは、非日常的な学術利用や評価を目的とした場合、無料で利用できる。計算インフラが混雑している場合、ジョブはキューに追加され、公平なスケジューリングが行われる。
Genome Detective Premium Editionを使っている場合、計算とストレージのコストはユーザーが負担するため、プレミアムジョブ用に計算ノードを追加する。さらに、日常的な使用に適した機能を備えたプレミアム版も提供している。アセンブリ、識別、同定は両バージョンとも同じとなっている。ここでは、無料版を使用できる（ログイン不要）。データは機密扱いとなり、解析終了後数日後に破棄される。
https://www.genomedetective.com/app/typingtool/cov/にアクセスする。
ゲノムアセンブリのfastaファイルをアップロードするか、ウィンドウ内にペーストする。ここではNCBIのリファレンス配列（link）を使用。
出力
リアルタイムで解析が終了した項目から出力されていく。
Genotype assignmentではSARS-CoV-2となった。
reportをクリックすると、詳細が表示される。
レポートに表示されている図表と解析データはダウンロードできる。
引用
Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes
Sara Cleemput, Wim Dumon, Vagner Fonseca, Wasim Abdool Karim, Marta Giovanetti, Luiz Carlos Alcantara, Koen Deforche, Tulio de Oliveira
Bioinformatics. 2020 Jun 1;36(11):3552-3555
