Procaryotesの自動アセンブリパイプライン Mypro

Pos 最近の全ゲノムシーケンシング（WGS）技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある（Hasman et al、2014; Rhoads e…

2018-08-22

review article要約　SNPs callingビギナーズガイド

2012 初心者向け review SNV mapping format fasta/fastqの操作 bam/sam VCF human exome

8/24 誤字修正 A beginners guide to SNP calling from high-throughput DNA-sequencing data （Andre ́ Altman et al., 2012）よりハイスループットDNAシークエンシング（HTS）は、ライフサイエンスにおいてますます重要になっている。その最も顕著な用途…

2018-08-15

高速な端末エミュレータ Alacritty

tips 高速なツールインフォマティクス解析をサポートするツール初心者向け Rust

AlacrittyはRustで書かれたGPUをレンダリングに使う高速な端末エミュレータ。OpenGL（wiki）を使ってレンダリングを行う。開発はまだアルファ段階らしいが、すでに色々なプラットフォームに対応している（windowsはこれかららしい）。開発の大きな動機は、WU…

2018-07-18

データに適した視覚化フォーマットにナビゲートし、その描画コードを教えてくれる From Data to Viz

結果の視覚化 (visualization) web tool format library database インフォマティクス解析をサポートするツール初心者向け Figure (scientific illustration) education

2020 3/3 タイトル修正 From Data to Vizは、決定木（wiki）を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有しているデータタイプに適したフォーマット…

2018-04-16

様々なインフォマティクスツールを簡単に実行できるサイバー環境 CyVerse

GUIツール cloud other web tool bioinfomatics tools database インフォマティクス解析をサポートするツール 2017 Journal of Visualized Experiments (JoVE) CyVerse 初心者向け

2019 1/10 追記 Cyberinfrastructureは、直訳するとサイバー空間のインフラとなる。計算科学の分野では大規模な計算化学の課題に対する解決策を提供するもの、というような意味で使われている（wiki）。CyVerseはこのCyberinfrastructureを提供する、様々な…