macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

rocker projectのrstudioコンテナを使う

docker Rstudio 初心者向け tips shiny

2020 5/12  説明追加

2020 10/1 リンク追加

 

ライブラリによって要求するRのバージョンが異なり、新しいツールをテストできないことがある。そのような場合、 r-baseのバージョン管理されたdockerイメージを使うと、その場限りの仮想環境にツールをインストールして、気軽にテストすることが出来る。また、rocker projectが提供しているバージョン管理されたdocker shinyイメージを使うと、バージョン管理されたrstudioを使用することも出来るようになる。コンテナイメージのダウンロードと立ち上げだけ確認しておく。

 

 

 

Dockerhubのr-base（3.1.3 ~ 3.6.3）

https://hub.docker.com/_/r-base?tab=tags

f:id:kazumaxneo:20200310235204p:plain

pull

#例えば3.6.0
docker pull r-base:3.6.0

#3.5.3
docker pull r-base:3.5.3

#3.4.1
docker pull r-base:3.4.1

 

3.6.0を立ち上げる。コンテナ終了時に自動的に消すなら"--rm"をつける。

docker run --rm -it r-base:3.6.0

#コンテナ内でコマンドをうつ
docker run --rm -it r-base:3.6.0 /bin/bash

 

rocker project HP

https://www.rocker-project.org

Github

こちらを読んでみて下さい。

https://www.gis-blog.com/rocker/

 

Dockerhubの Rstudio

https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio

f:id:kazumaxneo:20200311003608p:plain

tag

https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio/tags

#最新
docker pull rocker/rstudio:latest

#例えば3.6.2
docker pull rocker/rstudio:3.6.2

#例えば3.5.1
docker pull rocker/rstudio:3.5.1

 

 パスワードを指定してRstudioを立ち上げる。デフォルトではポート番号8787に対応している。

docker run -e PASSWORD=yourpassword --rm -p 8787:8787 rocker/rstudio

ブラウザでlocalhost:8787にアクセスする。ユーザー名はrstudio、そして指定したパスワードを入れてログインする。

f:id:kazumaxneo:20200513175831p:plain

 

Rstudioがブラウザ内で立ち上がる。

f:id:kazumaxneo:20200223161439p:plain

自分のデータはFileからアップロードする。

f:id:kazumaxneo:20210515164302p:plain

 

他のユーザーもアクセスするためには、一度コンテナに端末からルートログインして、adduserでユーザを加えておく必要があります。手順はhttps://github.com/rocker-org/rocker/wiki/Using-the-RStudio-imageを確認して下さい。

 

特定のスクリプトやツールを入れて使い回すなら、参考リンクにもあるように、ツールをインストールしてcommitしておくと良いと思います。便利な世の中になりましたね。

 

2022/01/10

rocker/tidyverse

https://hub.docker.com/r/rocker/tidyverse/tags

#latest
docker pull rocker/tidyverse:latest

#例えば4.1.0
docker pull rocker/tidyverse:4.1.0

#例えば4.0.0 ubuntu18
docker pull rocker/tidyverse:4.0.0-ubuntu18.04

#例えば3.6.3
docker pull rocker/tidyverse:3.6.3

#立ち上げる
docker run -d -p 127.0.0.1:8787:8787 rocker/tidyverse:4.1.0

 

追記

2020 10/1

参考

 

2021 6/9