ゲノミクスの大規模データセットを利用するために、生物学者はデータの保存、処理、分析、アノテーション、可視化のための計算システムを必要としている。CyVerseのようなクラウドベースのサイエンスゲートウェイは、ストレージと解析ツールを提供するが、可視化機能は限られている。これと並行して、Integrated Genome Browser（IGB）などのデスクトッププログラムは、ローカルコンピューティングリソースを使用したインタラクティブで動的なデータの可視化をサポートしている。しかし、CyVerseとIGBは別々に存在しており、ユーザが両者の間でデータを簡単に転送する方法はない。
ここでは、CyVerse Terrain APIを用いてCyVerseとIGBを接続する新しいWebアプリケーション、BioViz Connectを紹介する。BioViz Connectを使用すると、研究者はデータをIGBにストリーミングして可視化したり、分析を実行して新しい可視化を作成したりすることができる。また、BioViz Connectはダッシュボードスタイルのアプリケーションとしても機能し、ユーザーがデータファイルのゲノムバージョンと視覚的な外観を指定することで、IGBに読み込まれたデータがどのように表示されるかを制御することができる。BioViz Connectのデモンストレーションとして、シロイヌナズナのRNA-Seqデータセットの例を紹介する。CyVerseとBioViz Connectを使用して、スケーリングされたカバレッジグラフを作成し、統合ゲノムブラウザで可視化することで、クラウドとデスクトップリソースの融合により、研究者がデータの探索と理解をより強力に行うことができることを示している。BioViz Connectの使用方法については、https://bioviz.org/connect.html に示されている。
IGB manual
Quick start - IGB User's Guide - Confluence
movie manual
https://www.bioviz.org/connect.html にアクセスする。Cyverse IDでログインする。
Cyverseにアップロードしたファイルが並んでいる。IGBでブラウズしたいゲノムファイルを指定する。右端のview in IGBボタンをクリックする。
IGBアプリと連携させる。IGBアプリはすでにローカルマシン上で立ち上がっている必要がある。
補足
IGBをインストールしていない場合、BioViz Connectの指示に従ってインストールする。
IGBを立ち上げる。
実際の手順は以下の動画で確認して下さい。ファイルは公開設定にしておく必要があります。
引用
BioViz Connect: Web application linking CyVerse cloud resources to genomic visualization in the Integrated Genome Browser
Karthik Raveendran, Chaitanya Kintali, Srishti Tiwari, Pawan Bole, Nowlan H Freese, Ann E Loraine
bioRxiv, Posted May 16, 2020
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