2018 10/26 追記
2019 4/22 プライマーの説明追加
2019 5/30 誤字修正
2019 7/1 追記
2020 1/6 リンク追加
2020 1/25 追記
2020 2/12 分かりにくい表現を修正
SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化しており、制限酵素処理結果を画面で見やすく表示したり、TA cloningやgibson、in fuisionなどの反応結果を表示し設計を支援する機能などを持つ。
SnapGeneはアノテーション情報がない遺伝子配列からorfを自動検出してプラスミド図などを描画する機能も持つが、この機能は無償版のSnapGene viewerでも使うことができる。さらに素晴らしいのは、無償版、機能の豊富な有償版ともLinux版、mac版、windows版全て揃っていることである。とりあえずゲノム配列を手に入れたらsnapgene (viewer)で確認してみよう、くらいの気軽さで使うことができる。
公式サイトからダウンロードできる。
SnapGene | Software for everyday molecular biology
インストールは画面の指示に従っていくだけでできる。
SnapGeneは、genbankファイルの取り込みに対応している。genbankファイルは、NCBIで遺伝子を見るときのフォーマットである。以下のリンクを開いてgenbankファイルを1つダウンロードしてみよう。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=cloning+vector
左端のgenbankを選択。
右上のSend toからgenbankを選択してダウンロードする。
または配列まで含めて画面全体をコピーし、
↓
それを軽量なプレーンテキストエディタ(macならMi(Mi ダウンロードリンク)、windowsならTerapadかサクラエディタ)にペーストする。
.gbkで保存。
Snapgeneを指定してgbkファイルを開く。
環状かどうか聞いてくるので、環状を選択。
開いた直後の画面。orfがgbkファイルの情報に従い自動認識されている。また制限酵素サイトが自動で表示されている。
左下のタブ ”シーケンス” を押すと配列に切り替わる。
上のタブ”ライン"を押すと切れる場所が縦線で表示される。cut部位の相対的な位置関係を掴みやすい。
追記 プライマー追加
ウィンドウが出てくるのでプライマー配列をペーストする。
マッチする部位が表示されるので、右下のテンプレートにプライマーを追加ボタンをクリック。
プライマー部位が追加された。
繰り返すことで複数登録できる。
2019 7/1 追記
サンガー配列の読み込みはviewerでもできます。
開いたところ。
マルチプルシーケンスアラインメント(MSA)結果も表示できる。
他にも様々な機能を持ち、有償版は、例えば配列の編集、配列同士のアライメントなどに対応している。
いくつか動画を貼っておく。
コンストラクトの構築手順。
動画後半では、右下のタブ”履歴” 機能を使いコンストラクトの設計を行っている。
アライメント。
SnapGene Software Tutorial Videos | Aligning to a Reference DNA Sequence
下のCCからsubtitleをonにすると説明がつきます。
Primer設計と変異導入。
アカデミックライセンスなら、1ユーザ345米ドルで購入でき、他の解析ソフトと比べても良心的な金額になっている。まずは無償版で試し、有償版の機能が欲しくなったら、(ボスにお願いして)購入を考えればよい。
有償版と無償版の機能の違い。
SnapGene vs. SnapGene Viewer | Molecular Biology Software
他にもmac vectorも良い評判を聞いたことがある(安くて、かつ解析ソフトの機能は概ね備えている)。使っている人を見たことがあるが、genetyxに似ており概ね使いやすそうだった。2つ動画を貼っておく。
MacVector Tutorial
Create constructs using MacVector's Cloning Clipboard
これ以外にも無料で使えるツールはいくつかあります。
これらとsnap gene viewerと組み合われば、コストをかけずに使うことも可能です。
2020 1/6追記
UGENEおすすめです。
引用
SnapGene software (from GSL Biotech; available at snapgene.com)