ゲノムの相同性の高い領域の網羅的な検索 MUMmer

MUMmerはゲノム全体を高速にアライメントするオープンソースのツール。Finisihしたゲノムだけでなくドラフトゲノムでも使用でき、容易に何百あるcontigのアライメントを行うことができる。最初の論文が発表されたのは1999年だが（ref.1）、現在でもオープンソースのまま開発が続けられており、 間も無くMUMmer４が論文化されるとアナウンスされている（その後、2018年始めにpublishされた）。

オンラインマニュアル

The MUMmer 3 manual

MUMmerは５つのアライメントプログラム（tu-rukaranaru.mummer、nucmer、promer、rum-mummer1、そしてrun-mummer3) が専ら使われている。

brewで導入できる。

brew install mummer

作成まで時間がかかってしまったので、別に投稿しました。 

引用------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mummer1

1、Alignment of whole genomes

Nucleic Acids Research, 1999, Vol. 27, No. 11 2369–2376

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer.pdf

Mummer2

２、Fast algorithms for large-scale genome alignment and comparison.

Delcher AL1, Phillippy A, Carlton J, Salzberg SL.

Nucleic Acids Res. 2002 Jun 1;30(11):2478-83.

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer2.pdf

Mummer3

３、Versatile and open software for comparing large genomes

Stefan Kurtz*, Adam Phillippy†, Arthur L Delcher†, Michael Smoot†‡, Martin Shumway†, Corina Antonescu† and Steven L Salzberg†

Genome Biology 2004, 5:R12

http://mummer.sourceforge.net/MUMmer3.pdf

追記

Mummer4

MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

Guillaume Marçais, Arthur L. Delcher, Adam M. Phillippy, Rachel Coston, Steven L. Salzberg, Aleksey Zimin

Published online 2018 Jan 26.