2022/05/21 ツイート追記
2023/04/18 論文引用
HPより
JBrowseは、JavaScriptとHTML5で作られた高速でフル機能のゲノムブラウザです。Webサイトやアプリに簡単に組み込むことができますが、スタンドアロンのWebページとして提供することも可能です。
version1との機能比較表。
HP
https://twitter.com/usejbrowse
Document
2024/02/20
JBrowse v2.10.2 released, with a new feature to launch the breakpoint split view directly from raw reads https://t.co/1ft4AbXB21 pic.twitter.com/dMTF8VJnBq
— JBrowse (@usejbrowse) 2024年2月19日
New release of JBrowse 2.1.0 features multi-bigwig tracks, undo/redo, and warnings if synteny datasets render out of bounds! https://t.co/0ka9Tyc03u pic.twitter.com/CVKxLuUTDv
— JBrowse (@usejbrowse) 2022年7月28日
released a new version of jbrowse 2 with some improvements for showing indels alongside modified bases :) inspired by buzz from #LondonCalling #LC22 @NanoporeConf ! https://t.co/cFJJunXmug pic.twitter.com/fpxcu05SaO
— colin (@cmdcolin) May 20, 2022
JBrowse 2 desktop is now available! Install jbrowse 2 as an app on windows, mac, and linux. Let us know what you think https://t.co/cNkyEf0aou finalized for #ASHG21 :) see our poster here https://t.co/8BSK8jcJu3 pic.twitter.com/rlbcijMzWx
— colin (@cmdcolin) October 19, 2021
インストール
Desktop版のDownalod
指示に従ってインストールする。
windows版を立ち上げた。
ヒトとマウスのゲノムは最初から選択できるようになっている。他のゲノムを登録するならOPEN SEQUENCE FILEを選択する。
OPEN SEQUENCE FILEを選択すると、下の写真のようなゲノムを登録するウィンドウに切り替わる。まず名前を決める。次に、下のボタンからゲノムアセンブリのfasta形式ファイルとindexのfasta.faiファイルを読み込ませる。URLを指定してロードすることもできる。
submitすると読み込まれる。
ここからはヒトのhg38アセンブリで見ていく。
ゲノムを選択すると、JBrowse 2 desktopアプリ内に新しいウィンドウが現れる。
左上のボタンをクリックしてビューモードを選択する。まずlinearGenomeviewを選択する。
するとアプリ内にウィンドウが出現して、線状モードでゲノムを閲覧できるようになる。このように、JBrowse 2はアプリ内で他のビューと一緒に表示できる「ビュータイプ」に対応している。サードパーティのプラグインを追加すると、ビューを追加できるようになっている。
染色体番号を選択して読み込む。
赤いboxが現在表示されている領域。左右の矢印ボタンで左右にスクロールできる他、ドラッグして囲むことで素早く移動できる。画面をドラッグして引っ張っても移動できる。右のパンボタンでは拡大縮小できる。
動作はとてもスムーズで、他のゲノムビューアより洗練されていると感じる。
ポジションや染色体名をタイプするとその染色体:ポジションにジャンプできる。
中央のOPEN TRACK SELECTORをクリックすると、右側にアノテーショントラックウィンドウが表示される。
クリックすることでそのアノテーションのトラックをゲノムに沿って表示することができる。
補足；アノテーショントラックウィンドウが隠れた場合、左端のマークをクリックすると再表示される。
Clinvar CNVとClivar variants、Gencode v36を読み込んだ。
情報がロードされていない場合はトラック上のForce LOADをクリック。
アノテーショントラックの境界はドラッグして変更できる。縦に長くした。
トラックのexonなどをクリックすると右に情報が表示される。
Refseq sequenceをロードして最大近くまで拡大するとリファレンス配列が表示される。
用意されているアノテーションについては、"..."をクリックする事で詳細を確認できる。
詳細の例 (Clinvar CNV)
File->Openで、ローカルマシンのアノテーションやURL先のファイルを読み込むことができる。
以下のファイル形式に対応している（マニュアルより）。
- Tabixed VCF
- Tabixed BED
- Tabixed GFF
- BAM
- CRAM
- BigWig
- BigBed
- .hic file (Juicebox)
- PAF
複数のビューモードを同時に表示することもできる。
上のメニューのADDをクリック。
Circular viewを追加した。
TOOLS => plugin storeからはプラグインを追加できる。
利用可能なプラグインが表示される。
multiple sequence alignment browser: MsaViewを追加した。追加したプラグインもADDから読み込める。
Ideogramプラグインを追加。
topからは最近開いたセッションを再ロードすることができる。
明日はマッピングファイルの読み込み、閲覧などを紹介します。
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引用
JBrowse: a dynamic web platform for genome visualization and analysis
Robert Buels, Eric Yao, Colin M. Diesh, Richard D. Hayes, Monica Munoz-Torres, Gregg Helt, David M. Goodstein, Christine G. Elsik, Suzanna E. Lewis, Lincoln Stein & Ian H. Holmes
Genome Biology volume 17, Article number: 66 (2016)
2023/04/18
JBrowse 2: a modular genome browser with views of synteny and structural variation
Colin Diesh, Garrett J Stevens, Peter Xie, Teresa De Jesus Martinez, Elliot A. Hershberg, Angel Leung, Emma Guo, Shihab Dider, Junjun Zhang, Caroline Bridge, Gregory Hogue, Andrew Duncan, Matthew Morgan, Tia Flores, Benjamin N. Bimber, Robin Haw, Scott Cain, Robert M. Buels, Lincoln D. Stein & Ian H. Holmes
Genome Biology volume 24, Article number: 74 (2023)
