2022/05/21 ツイート追記
HPより
JBrowseは、JavaScriptとHTML5で作られた高速でフル機能のゲノムブラウザです。Webサイトやアプリに簡単に組み込むことができますが、スタンドアロンのWebページとして提供することも可能です。
version1との機能比較表。
HP
https://twitter.com/usejbrowse
Document
released a new version of jbrowse 2 with some improvements for showing indels alongside modified bases :) inspired by buzz from #LondonCalling #LC22 @NanoporeConf ! https://t.co/cFJJunXmug pic.twitter.com/fpxcu05SaO
— colin (@cmdcolin) May 20, 2022
JBrowse 2 desktop is now available! Install jbrowse 2 as an app on windows, mac, and linux. Let us know what you think https://t.co/cNkyEf0aou finalized for #ASHG21 :) see our poster here https://t.co/8BSK8jcJu3 pic.twitter.com/rlbcijMzWx
— colin (@cmdcolin) October 19, 2021
インストール
Desktop版のDownalod
指示に従ってインストールする。
windows版を立ち上げた。
ヒトとマウスのゲノムは最初から選択できるようになっている。他のゲノムを登録するならOPEN SEQUENCE FILEを選択する。
OPEN SEQUENCE FILEを選択すると、下の写真のようなゲノムを登録するウィンドウに切り替わる。まず名前を決める。次に、下のボタンからゲノムアセンブリのfasta形式ファイルとindexのfasta.faiファイルを読み込ませる。URLを指定してロードすることもできる。
submitすると読み込まれる。
ここからはヒトのhg38アセンブリで見ていく。
ゲノムを選択すると、JBrowse 2 desktopアプリ内に新しいウィンドウが現れる。
左上のボタンをクリックしてビューモードを選択する。まずlinearGenomeviewを選択する。
するとアプリ内にウィンドウが出現して、線状モードでゲノムを閲覧できるようになる。このように、JBrowse 2はアプリ内で他のビューと一緒に表示できる「ビュータイプ」に対応している。サードパーティのプラグインを追加すると、ビューを追加できるようになっている。
染色体番号を選択して読み込む。
赤いboxが現在表示されている領域。左右の矢印ボタンで左右にスクロールできる他、ドラッグして囲むことで素早く移動できる。画面をドラッグして引っ張っても移動できる。右のパンボタンでは拡大縮小できる。
動作はとてもスムーズで、他のゲノムビューアより洗練されていると感じる。
ポジションや染色体名をタイプするとその染色体:ポジションにジャンプできる。
中央のOPEN TRACK SELECTORをクリックすると、右側にアノテーショントラックウィンドウが表示される。
クリックすることでそのアノテーションのトラックをゲノムに沿って表示することができる。
補足；アノテーショントラックウィンドウが隠れた場合、左端のマークをクリックすると再表示される。
Clinvar CNVとClivar variants、Gencode v36を読み込んだ。
情報がロードされていない場合はトラック上のForce LOADをクリック。
アノテーショントラックの境界はドラッグして変更できる。縦に長くした。
トラックのexonなどをクリックすると右に情報が表示される。
Refseq sequenceをロードして最大近くまで拡大するとリファレンス配列が表示される。
用意されているアノテーションについては、"..."をクリックする事で詳細を確認できる。
詳細の例 (Clinvar CNV)
File->Openで、ローカルマシンのアノテーションやURL先のファイルを読み込むことができる。
以下のファイル形式に対応している（マニュアルより）。
- Tabixed VCF
- Tabixed BED
- Tabixed GFF
- BAM
- CRAM
- BigWig
- BigBed
- .hic file (Juicebox)
- PAF
複数のビューモードを同時に表示することもできる。
上のメニューのADDをクリック。
Circular viewを追加した。
TOOLS => plugin storeからはプラグインを追加できる。
利用可能なプラグインが表示される。
multiple sequence alignment browser: MsaViewを追加した。追加したプラグインもADDから読み込める。
Ideogramプラグインを追加。
topからは最近開いたセッションを再ロードすることができる。
明日はマッピングファイルの読み込み、閲覧などを紹介します。
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引用
JBrowse: a dynamic web platform for genome visualization and analysis
Robert Buels, Eric Yao, Colin M. Diesh, Richard D. Hayes, Monica Munoz-Torres, Gregg Helt, David M. Goodstein, Christine G. Elsik, Suzanna E. Lewis, Lincoln Stein & Ian H. Holmes
Genome Biology volume 17, Article number: 66 (2016)