macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

JBrowseゲノムブラウザのデスクトップアプリケーション JBrowse 2 desktop

 

HPより

JBrowseは、JavaScriptHTML5で作られた高速でフル機能のゲノムブラウザです。Webサイトやアプリに簡単に組み込むことができますが、スタンドアロンのWebページとして提供することも可能です。

 

version1との機能比較表。

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HP

https://jbrowse.org/jb2/

twitter

https://twitter.com/usejbrowse

Document

https://jbrowse.org/jb2/docs/

 

 

 

インストール

Desktop版のDownalod

JBrowse

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指示に従ってインストールする。

 

windows版を立ち上げた。

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ヒトとマウスのゲノムは最初から選択できるようになっている。他のゲノムを登録するならOPEN SEQUENCE FILEを選択する。

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OPEN SEQUENCE FILEを選択すると、下の写真のようなゲノムを登録するウィンドウに切り替わる。まず名前を決める。次に、下のボタンからゲノムアセンブリfasta形式ファイルとindexのfasta.faiファイルを読み込ませる。URLを指定してロードすることもできる。

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submitすると読み込まれる。

 

ここからはヒトのhg38アセンブリで見ていく。

ゲノムを選択すると、JBrowse 2 desktopアプリ内に新しいウィンドウが現れる。

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左上のボタンをクリックしてビューモードを選択する。まずlinearGenomeviewを選択する。

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するとアプリ内にウィンドウが出現して、線状モードでゲノムを閲覧できるようになる。このように、JBrowse 2はアプリ内で他のビューと一緒に表示できる「ビュータイプ」に対応している。サードパーティプラグインを追加すると、ビューを追加できるようになっている。

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染色体番号を選択して読み込む。

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赤いboxが現在表示されている領域。左右の矢印ボタンで左右にスクロールできる他、ドラッグして囲むことで素早く移動できる。画面をドラッグして引っ張っても移動できる。右のパンボタンでは拡大縮小できる。

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動作はとてもスムーズで、他のゲノムビューアより洗練されていると感じる。

 

ポジションや染色体名をタイプするとその染色体:ポジションにジャンプできる。

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中央のOPEN TRACK SELECTORをクリックすると、右側にアノテーショントラックウィンドウが表示される。

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クリックすることでそのアノテーションのトラックをゲノムに沿って表示することができる。

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補足;アノテーショントラックウィンドウが隠れた場合、左端のマークをクリックすると再表示される。

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Clinvar CNVとClivar variants、Gencode v36を読み込んだ。

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情報がロードされていない場合はトラック上のForce LOADをクリック。

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アノテーショントラックの境界はドラッグして変更できる。縦に長くした。

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トラックのexonなどをクリックすると右に情報が表示される。

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Refseq sequenceをロードして最大近くまで拡大するとリファレンス配列が表示される。

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用意されているアノテーションについては、"..."をクリックする事で詳細を確認できる。

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詳細の例 (Clinvar CNV)

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File->Openで、ローカルマシンのアノテーションやURL先のファイルを読み込むことができる。

以下のファイル形式に対応している(マニュアルより)。

  • Tabixed VCF
  • Tabixed BED
  • Tabixed GFF
  • BAM
  • CRAM
  • BigWig
  • BigBed
  • .hic file (Juicebox)
  • PAF

 

 

複数のビューモードを同時に表示することもできる。

上のメニューのADDをクリック。

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Circular viewを追加した。

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TOOLS => plugin storeからはプラグインを追加できる。

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利用可能なプラグインが表示される。

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multiple sequence alignment browser: MsaViewを追加した。追加したプラグインもADDから読み込める。

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Ideogramプラグインを追加。

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topからは最近開いたセッションを再ロードすることができる。

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明日はマッピングファイルの読み込み、閲覧などを紹介します。

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引用

JBrowse: a dynamic web platform for genome visualization and analysis
Robert Buels, Eric Yao, Colin M. Diesh, Richard D. Hayes, Monica Munoz-Torres, Gregg Helt, David M. Goodstein, Christine G. Elsik, Suzanna E. Lewis, Lincoln Stein & Ian H. Holmes 
Genome Biology volume 17, Article number: 66 (2016)