今回は、１回目で説明できなかった機能について説明する。
一旦入力した配列は直接編集できないようになっている。編集するには左端のeditボタンをクリックする。
選択した配列を消したり、追加できるようになっている。
編集が終わったらもう一度editボタンをクリックしてロックする。
複数ライン表示が見にくければ、1行表示に切り替える。
ORFを表示。
さらにTranslatee selectionにチェックを付け、
配列を囲むと、その領域のアミノ酸配列が素早く確認できる。
Show all frame
Find pattern - Smith–Watermanで相同な領域をサーチ。
配列を入力して検索する。
パラメータ、アラインメント感度、ヒット後のアノテーションのカテゴリなどを選択する。
ヒットした領域がアノテーション付けられ、ハイライト表示される。複数ヒットした場合、下のウィンドウのフィーチャ一覧を展開して確認できる。
build dotplot - ２配列間の相同な領域の視覚化
比較する配列を指定する。multi-fastaを読み込んでいるなら改めてロードせずとも各々の配列を選択可能。
視覚化された。dot plotの図を囲むとその領域の配列が選択される。
そのままcommand + Cすることで選択した領域の配列をコピーできる。
Query NCBI BLAST database - ネット越しのblast検索
データベースとパラメータを指定する。
primer3 - プライマーデザイン
パラメータを指定する。
条件を満たすプライマーが自動作成される。
近いうちにNGSのデータを扱う流れについてもまとめます。
引用
Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M; UGENE team
Bioinformatics, Volume 28, Issue 8, 15 April 2012, Pages 1166–1167
