2023
遺伝子およびタンパク質セットのエンリッチメント解析は、オミックス実験から収集されたデータの解析において重要なステップである。Enrichrは、数十万件の注釈付き遺伝子セットを含む、人気のある遺伝子セットエンリッチメント解析ウェブサーバー検索エンジ…
メタゲノミクスは、抗生物質耐性遺伝子（ARG）の拡散を監視するために利用できる。ResFinderやCARDなどのデータベースで発見されたARGは、主に培養可能な病原性細菌に由来するものだが、培養不可能な非病原性細菌由来のARGについては、まだ研究が不十分なま…
遺伝子発現プロファイリングは、生物学的プロセスや疾患の理解に多大な貢献をしてきた。しかし、データ可視化ツールやパスウェイ解析ツールの多くは、膨大なデータフォーマットを必要とするため、特にバイオインフォマティシャンでない人にとっては、処理さ…
ゲノムデータの解釈には、既存のリファレンスデータベースとの関連で結果を評価することが繰り返し課題となっている。コマンドラインやPythonの利用者が増加する中、大規模な公開ゲノムデータベースの多様なコレクションに保存されているキュレーションされ…
原核生物および真核生物において、上流のオープンリーディングフレーム（uORF、いわゆるリーダーペプチドをコードすることが多い）は、下流のメインORF（mORF）の翻訳と転写を制御することができる。しかし、新規機能性uORFのアノテーションは、通常100コド…
2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…
2023/05/28, 5/30 誤字修正 2023/06/13 プレプリント引用 2024/02/19 ツイート追記 タンパク質配列やRNA-Seqライブラリの形で大量の外部エビデンスを提供するデータベースの利用可能性が高まっており、タンパク質コード遺伝子の遺伝子構造予測手法を改善する…
ウイルス分子疫学において、配列データからコンセンサスゲノムを再構成することは、懸念される変異やバリアントを追跡するために重要である。しかし、配列決定されるサンプル数が急増するにつれ、コンセンサスゲノムの再構築に必要な計算リソースは法外に大…
PHASTEST (PHAge Search Tool with Enhanced Sequence Translation) は、プロファージ検索ウェブサーバーPHASTとPHASTERの後継である。PHASTESTは、細菌ゲノムおよびプラスミド内のプロファージ配列の迅速な同定、アノテーション、視覚化をサポートするよう…
Genome Context Viewerは、ゲノム領域をそのミクロおよびマクロシンテニックな構造に基づいて特定、アライメント、可視化するためのウェブアプリケーションである。遺伝子アノテーションのような機能的要素を検索・比較の単位として使用することで、Genome C…
ゲノミクス研究において、適切なゲノムアセンブリを選択することは、ダウンストリーム解析の鍵となる。しかし、多くのゲノムアセンブリツールが存在し、その実行パラメータは非常に多様であるため、このタスクは困難である。また、既存のオンライン評価ツー…
Gene Expression Omnibusは、二次解析のための重要な生物学的データ源となっている。しかし、Gene Expression Omnibus (GEO)からデータやメタデータを標準的なアノテーションフォーマットでダウンロードするシンプルでプログラム的な方法は存在しない。GEOfe…
糖質活性酵素（CAZymes）は、様々な生物によって作られ、複雑な糖質代謝を担っている。バイオエネルギー、マイクロバイオーム、栄養、農業、地球規模の炭素循環におけるCAZymesの重要性から、CAZymesのゲノムマイニングは（メタ）ゲノムプロジェクトにおける…
GenEra（https://github.com/josuebarrera/GenEra）は、DIAMONDを用いたgene-family founder inference framework（遺伝子ファミリーの起源となる遺伝子の推論フレームワーク）で、ゲノム系統分類における相同性検出の失敗など、これまで指摘されてきた限界…
採取したDNAから環境に関連する微生物群集を研究するメタゲノミクスにおいて、最も基本的な計算タスクの1つは、リファレンスデータベースから、与えられたサンプルメタゲノムにどのゲノムが存在するか、または存在しないかを決定することである。この問いに…
Proksee (https://proksee.ca) は、細菌ゲノムのアセンブル、アノテーション、解析、可視化のための、強力で使いやすく、機能豊富なシステムをユーザーに提供する。Prokseeは、イルミナのシーケンスリードを、圧縮されたFASTQファイル、または生、FASTA、Gen…
ロングリードシーケンスプロジェクトにおけるコホートサイズの増加により、Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesのシーケンスデータの品質評価と処理のためのより効率的なソフトウェアが必要とされている。ここでは、実験の要約、データセット…
非コードRNAは転写プロセスにおいて重要な役割を果たし、様々な生物学的機能の制御に関与している。特にmiRNAやlncRNAが重要である。しかし、既存のシグナル伝達パスウェイデータベースには、miRNAやlncRNAに関する情報は含まれていない。そこで本著者らは、…
2024/03/24 ローカルでのラン例追記 微生物は、二次代謝や特殊な代謝の一環として、小さな生物活性化合物を生成する。このような代謝物は、抗菌、抗がん、抗真菌、抗ウイルスなどの生物活性を持つことが多く、医療や農業への応用に重要な役割を担っている。…
比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…
特殊な機能をコードする遺伝子の共局在は、微生物ゲノムに共通し、より大きな真核生物のゲノムにも存在する。重要な例として、薬用、農業用、工業用として価値のある特殊な代謝物（例：antimicrobials）を生産する生合成遺伝子クラスター（BGC）がある。BGC…
真菌類は、多様な生態的ニッチを持つ真核生物の大規模かつ異質なグループを形成している。真菌の重要性は、真菌のライフスタイルや環境への適応性についての理解が限られていることと対照的である。この10年間で、ハイスループット配列決定技術により、膨大…
複雑な細胞機能は、通常、微生物ゲノムの1つまたは数個の組織化された遺伝子座の遺伝子セットによってコードされている。Macromolecular System Finder (MacSyFinder) は、これらの特性を利用して、微生物ゲノム中の細胞機能をモデル化し、次にアノテーショ…
酵素の機能アノテーションは基本的な課題であり、数多くの計算機ツールが開発されている。しかし、これらのツールの多くは、研究が進んでいないタンパク質や、これまで解明されていない機能や複数の活性を持つタンパク質について、enzyme commission（EC）番…
PacBio社が開発した高忠実度（HiFi）ロングリードシーケンス技術により、ゲノムアセンブリの塩基レベルの精度は大幅に向上したが、これらのアセンブリには、特にHiFiロングリードのエラーが発生しやすい領域内に、塩基レベルのエラーが残っている。しかし、…
微生物ゲノムのアノテーションとは、DNA配列中の構造的・機能的エレメントを特定し、そのエレメントに生物学的情報を付加するプロセスである。DRAMは、純粋培養やメタゲノムから得られた細菌、古細菌、ウイルスのゲノムをアノテーションするために開発された…
PlasMapper 3.0は、出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、対話的に可視化できるウェブサーバーである。プラスミドマップは、遺伝子クローニング実験に関する重要な情報を計画、設計、共有、公開するために使用される。PlasMapper 3.0は、PlasMappe…
Transposable Element MOnitoring with LOng-reads（TrEMOLO）は、アセンブリベースとマッピングベースのアプローチを組み合わせた新しいソフトウェアで、トランスポーザブルエレメント（TE）と呼ばれる遺伝要素を強固に検出することができる。TrEMOLOは、高…
プライマーデザインは、現代の分子生物学研究室では日常的に行われている。primer3やprimer-blastのようなバイオインフォマティクスツールは、特定領域のプライマー設計を標準化した。しかし、大規模なプライマー設計、特にゲノムワイドなスクリーニングのた…
プラスチドゲノム（プラストーム）の構造は、ほとんどの種子植物で高度に保存されているが、過去20年間の研究により、大幅な再配列を経験したいくつかの異種族系統が明らかになっている。ほとんどのプラストームには、大きなインバーテッドリピートと2つのシ…
