ファージゲノムアノテーションは、ファージ治療の設計に重要な役割を果たす。これまで、ファージのゲノムアノテーションツールは様々なものがあったが、その多くは単機能のアノテーションに特化したもので、操作プロセスも複雑だった。そのため、ファージゲノムアノテーションのための包括的でユーザーフレンドリーなプラットフォームが求められている。ここでは、ファージゲノムのアノテーションと解析のためのオンライン統合プラットフォームであるPhaGAAを提案する。PhaGAAは、複数のアノテーションツールを組み込むことにより、プロファージゲノムをDNAレベルおよびタンパク質レベルでアノテーションし、解析結果を提供するように構築されている。さらに、PhaGAAは、細菌ゲノムやメタゲノムからファージゲノムをマイニングし、アノテーションすることも可能である。PhaGAAは、実験生物学者にとって有用なリソースとなり、基礎および応用研究におけるファージ合成生物学の発展に貢献する。PhaGAAは、http://phage.xialab.info/で自由に利用できる。
Help
http://phage.xialab.info/homeにアクセスする。
Predictをクリック
配列を入力する。
ファージのゲノム配列を張り付けるかアップロードする。ここではexampleの配列をOnにした。
アノテーションの種類を1つ以上選択する。デフォルトでは何も選択されていない。
DNAベースのアノテーションでは、宿主予測、クローズドファージ検索、ライフスタイル認識、プロモーターやスパニン遺伝子の同定などが行なうことができる。タンパク質ベースのアノテーションは、ビリオンタンパク質の同定、タンパク質ドメイン、構造タンパク質、機能タンパク質の分類で構成されている（マニュアルより）。
ここではFastANIによる分類群のアサインとCheckVによる配列の品質チェックを行う。
ファージゲノム以外にメタゲノムアセンブリ配列や細菌ゲノム配列にも対応している。これはメタゲノムや細菌ゲノムやからファージゲノムをマイニングしてアノテーションする機能になる。
メールアドレスを指定後、sumitをクリック。
出力例
試したときは5秒くらいで結果のページにリダイレクトされた。
virulent phageと予測され、ホストがEscherichia_coliと予測された。FastANIに基づく分類群アサインはＮ/Aとなった。
Promoter予測
タンパク質の機能的アノテーション
メールアドレスを記載しておくと、アノテーション終了後にメールに解析レポートのリンクが届きます。
引用
PhaGAA: an integrated web server platform for phage genome annotation and analysis
Jiawei Wu, Qingrui Liu, Min Li, Jiliang Xu, Chen Wang, Junyin Zhang, Xiao Minfeng, Yannan Bin, Junfeng Xia Author Notes
Bioinformatics, Published: 06 March 2023
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