macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2023-02-10から1日間の記事一覧

タンパク質配列データベースをクラスタリングするDiamondのclusterコマンド (DIAMOND DeepClust)

2023/03/02 プレプリント追記、タイトル修正 wikiより Diamondは、CD-HITやUClustと同様に、ユーザーが定義したクラスタリング基準に基づいて配列をクラスタリングし、セントロイドまたは代表配列のセットを見つけ、クラスタリング基準対セントロイドが満た…

Genbankファイルから遺伝子のnon-coding RNAの配列を取り出す gbseqextractor

gbseqextractorはタイトルの通りgbseqextractorはGenbankファイルから遺伝子やrNRA、tRNAの配列を返すツール。Biopython (http://www.biopython.org/) が使われている。 インストール Github #ここではcondaの仮想環境に導入。mamba create -n gbseqextracto…