long readのRNA seq向けマッピング評価ツール AlignQC

Pacific Bioscience（PacBio）が20111年に1分子リアルタイム（SMRT）シーケンス技術を商品化し、第3世代シーケンシング（TGS）が登場した。TGSプラットフォームには大きな技術的違いがある。これは、第2世代シーケンス（SGS）とは異なる。ペアエンド情報を考…

2019-04-22

スプライシングジャンクションを上手く処理できるエラーの多いロングリードRNA seqのアライナーdeSALT

2019 Preprint RNA seq Pacbio Nanopore long read 高速なツール mapping Alternative splicing splicing variant Iso-Seq

RNAシークエンシングはトランスクリプトームを特徴付けるための基本的なアプローチとなっている。正確な遺伝子構造を明らかにし、遺伝子/転写産物の発現を定量できる[ref.1-5]、さらにバリアントコーリング[ref.6]、RNA edit/ng解析[ref.7 - 8]、遺伝子融合…

2019-04-12

ロングリードのde novo transcriptomeのクラスタリングツール isONclust

2018 Preprint sequence clustering de novo transcriptome Alternative splicing Iso-Seq Pacbio Nanopore direct RNA-seq docker

Pacific Biosciences（PacBio）Iso-SeqおよびOxford Nanopore Technologies（ONT）を用いた転写産物のロングリードシークエンシングは、植物[ref.6]、真菌[ref.7]、ウイルス[ref.8]、ヒトなどの複雑なアイソフォームランドスケープの研究の中心となることが…