複数の配列（multi-fastaファイルなど）を１つに配列に結合するEMBOSSのunionコマンド

EMBOSSのunionコマンドを使うと、複数の配列を読み込み、それらを連結して1つの配列として書き出すことができます。

EMBOSS union

https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/union.html

multi fastaファイルを指定する。

union -filter mulit-seqence.fasta > single_sequence.fasta

-slower1をつけると小文字に、-supper1をつけると大文字になる。

#-slower1
union -filter -slower1 mulit-seqence.fasta > single_sequence.fasta

#-supper1
union -filter -supper1 mulit-seqence.fasta > single_sequence.fasta

• -findoverlap オプションを使うと、隣接する結合領域間の重複をチェックし、重複しているかどうかの結果を報告する。

参考

Biostars

HOw to merge multifasta sequence into a single sequence having only one header?

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