2020-01-01から1年間の記事一覧
膜輸送体は、細胞の分子組成やエネルギー状態を決定するチャネル、キャリア、ポンプ、group translocators、電子輸送体などの複雑なネットワークを形成する多様なタンパク質のグループを構成している(ref.1)。これらのタンパク質は、細胞内の全タンパク質の…
１分子シークエンシング（SMS）装置からのロングリードや、SMSアセンブリからのメガベーススケールのコンティグをアラインメントしてバリエーションを検出することは、計算量的に困難である。長い配列を効率的にアラインメントするための1つのアプローチは、…
次世代シーケンシング技術は、低コストでハイスループットのリードを生産することでゲノミクスに革命をもたらし、この進歩に伴いde novoアセンブラの開発が促された。de Bruijnグラフに基づく複数のアセンブラ法は、Illuminaリードに対して効率的であること…
2020/11/19 誤字修正 NCBIの識別子がGCA_で始まるゲノムアセンブリはGenBankアセンブリと呼ばれる。GenBankアセンブリは、ユーザーがサブミットしたゲノムアセンブリを意味する。また、識別子がGCF_で始まるゲノムアセンブリは、RefSeqのアセンブリである。…
ハイスループット技術の開発により、ほとんどの真核生物のRNAにnon-canonicalなショートオープンリーディングフレーム（sORF）が存在することが明らかになった。これらは、種を超えて高度に保存されたユビキタスな遺伝的要素であり、多くの細胞プロセスに関…
ウイルスは、遺伝的に関連のある突然変異株のコレクションであるquasispeciesとして宿主に寄生する。Viral quasispeciesのアセンブリは、リードデータから株固有のハプロタイプを再構築することであり、株間の相対的な存在量を予測することは、治療に関連し…
環境試料中の細菌株を研究することは不可欠である。既存の方法やツールは、既知の菌株や変異株に依存していることが多く、個々のサンプルに対応できない、信頼性が低い、使い勝手が悪いなどの問題がある。そのため、より正確に菌株を同定できる、より使いや…
Genome Variation Map (GVM; http://bigd.big.ac.cn/gvm/) は、ゲノム変異の公開データリポジトリである。幅広い種のゲノム変異を収集・統合することを目的としており、世界中から様々な変異タイプの投稿を受け付けており、世界中の研究活動を支援するために…
遺伝子予測プログラムVIGOR（Viral Genome ORF Reader）は、2010年にJ.Craig Venter Instituteで開発され、感染症ゲノムシークエンシングセンターのプロジェクトでコロナウイルス、インフルエンザ、ライノウイルス、ロタウイルスの遺伝子コールに成功してい…
2022/04/02 論文引用 ヒトゲノムの約5～10％は、セグメント重複やタンデムリピート配列などの繰り返し配列が存在するため、機能解析にアクセスできない状態になっている。高品質な個人ゲノムのリシークエンシングを可能にするためには、リピートを考慮したリ…
2020 11/11 extractコマンド追記 2022/11/21 登録コマンド追記 代謝、薬剤耐性、病原性などの生物学的パスウェイに関与する遺伝子は、多くの場合、遺伝子クラスターとしてクラスター化されている。相同な遺伝子クラスターを特定することは、その機能や進化の…
2020 11/10 誤字修正 2022/02/16 論文引用 MonaGOは、遺伝子オントロジー（GO）エンリッチメント解析を実行し、結果を可視化するための直感的でインタラクティブな応答性の高いインターフェイスを提供する、新しいウェブベースの可視化システムである。MonaG…
2021 1/18 わかりにくい説明を修正 細菌単離株からの全ゲノム配列データが安価に入手できるようになるにつれ、配列データと生物学的観察結果を相関させる計算手法が必要とされている。ここでは、数百から数千の細菌ゲノムの遺伝的内容を迅速に比較し、調査し…
2020 11/8 誤字修正、11/10 preprint引用追加、12/15 追記 2021 1/19 論文引用、11/8 ヘルプ更新 2022/11/24 コメント追記 2023/03/31 追記 生物学的パスウェイに関与する遺伝子は、多くの場合、遺伝子クラスターに集まっており、それらを比較することで、そ…
2020 11/7 タイトル修正 2020 11/8 感想追加 2020 11/11 誤字修正, タイトル修正（”主に植物”を削除） 構造的特徴に基づくコンピュータプログラムを用いたLTR要素の同定は効率的であるが(10,11)、多数の偽陽性(4)に悩まされている。最近、インタクトなLTRレ…
2020 11/6 追記 2023/01/010. 01/11 インストール手順修正 Long terminal repeat retrotransposons (LTR-RT)は植物ゲノムに多く存在する。LTR-RTの同定は、高品質な遺伝子アノテーションを実現するために重要である。しかし、これらのプログラムは特異性が低…
2020 11/6 誤字修正 ショート DNA リードのデノボアセンブリは、特に大規模プロジェクトや疫学における高解像度の変異解析に不可欠な技術であり続けている。しかし、既存のツールでは、近縁の菌株を比較するのに必要な十分な精度が得られないことが多い。こ…
多くのマイクロバイオーム研究では、リファレンスベースのoperational taxonomic unit （OTU）picking法を採用しているが、一般的には、完全長16S rRNA遺伝子のクラスタリングによって同定されたリファレンスOTUをカタログ化したデータベースに依存している…
ほとんどの腫瘍種において体細胞構造変化（SV）が広く普及しているにもかかわらず、その分子的意味合いについての理解が不十分な場合が多い。SVはその大きさと複雑さが非常に不均一であり、その病原性の役割の解釈を妨げている。ガンの体細胞構造を完全に特…
同じパスウェイ、タンパク質複合体、または同じ環境条件で機能するタンパク質は、系統発生クレード全体で類似した配列保存パターンを示すことがある。特定のタンパク質複合体またはパスウェイをもはや必要としない種では、これらのタンパク質は、グループと…
次世代シークエンシング時代では、増え続ける生物学的配列やそのバリエーションを正確にアノテーションするための信頼性の高い、高速かつ効率的なアプローチが求められている。類似性検索に基づくアノテーションのtransferは、標準的なアプローチである。全…
2020 10/31 説明を追加 2021 2/11 docker インストールにv５.01追加 Cell Rangerは、ChromiumのシングルセルRNA-seq出力を処理して、リードのアラインメント、フィーチャ-バーコードマトリックスの生成、クラスタリングと遺伝子発現解析を行う解析パイプライ…
2020 11/2 誤字修正 先日紹介したneedleallやvsearchによるall versus allの配列比較のテキスト出力をもとに、ヒートマップで視覚化する。ここではggplot2パッケージを使う。 EMBOSS needleallによるall versus allの配列比較 １、配列の準備 all versus all…
2020 10/29 vsearchのコマンド追記 needleall は入力された一連の配列を読み込み、それらをすべて 1 つ以上の配列と比較し、最適なグローバル配列のアラインメントをファイルに書き込む。Needleman-Wunschアライメントアルゴリズムを使用して、全長に沿った2…
2020 10/27 テストデータ結果追記 選択圧力は、遺伝子の進化に継続的に影響を与え、多くの方法で研究することができる（Vittiら、2013）。例えば正の選択、または多様化する選択は、オルソロガスな遺伝子のアラインメントにおける非同義置換（dN）と同義置換…
ゲノム解析において、リファレンスゲノムの大規模なコレクションからコンパクトなde Bruijnグラフを構築することは、ますます関心が高まっている課題である。例えば、compacted colored reference de Bruijn graphsは、ショートリードとロングリードのアライ…
2021 2/13 論文引用、help更新、実行例追記 転写物中のORFを検索することは、新たに配列決定されたゲノム中のコーディング領域をアノテーションする前の重要なステップであり、既知の遺伝子内の代替リーディングフレームを検索するための重要なステップであ…
2020 10/26 誤字修正 このプログラムは、1つ以上のヌクレオチド配列中のオープンリーディングフレーム(ORF)の配列を検索して出力する。ORFは、2つのSTOPコドンの間、またはSTARTコドンとSTOPコドンの間の指定された最小サイズの領域として定義することができ…
葉緑体ゲノムの完全長配列は、種の進化の歴史に関する豊富な情報を提供している。次世代シークエンシング技術の進展に伴い、葉緑体ゲノムの完全配列の数は飛躍的に増加すると予想されており、ゲノム配列をアノテーションするための強力な計算機ツールが急務…
est2genomeは、スプライスされていないゲノムDNA配列にスプライスされたヌクレオチド配列（ESTのcDNAまたはmRNA）のセットをアラインメントし、必要に応じて任意の長さのイントロンを挿入するプログラムである。イントロン境界は、デフォルトではスプライス…
