この論文ではOxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesのロングリードシーケンスデータの可視化と処理のために開発されたツールセット、NanoPackについて説明する。NanoPackツールはPython 3で書かれており、GNU GPL3.0ライセンスの下でリリースされている。 ソースコードはhttps://github.com/wdecoster/nanopackにあり、別々のスクリプトへのリンクとそのドキュメントもある。スクリプトは、Linux、Mac OS、およびLinux用のMS Windows 10サブシステムと互換性があり、グラフィカルユーザーインターフェース、http://nanoplot.bioinf.beのWebサービス、およびコマンドラインツールとして利用できる。
Base callingのレポートファイルを持っているなら、オンラインでも利用できる。
リンク先のウィンドウ内にAlbacore/Guppyが出力するsequencing_summary.txt.ファイルをドラッグ&ドロップする（上限100MB）。
ローカルマシンへのインストール
mac os10.14のanaconda3-5.1.0環境でテストした。
本体 GIthub
#anaconda環境ならcondaで導入できる
conda install -y -c bioconda nanoQC
#またはpipを使う
pip install nanoQC
> nanoQC -h
$ nanoQC -h
usage: nanoQC [-h] [-v] [-o OUTDIR] [-l MINLEN] fastq
Investigate nucleotide composition and base quality.
positional arguments:
fastq Reads data in fastq.gz format.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version Print version and exit.
-o OUTDIR, --outdir OUTDIR
Specify directory in which output has to be created.
-l MINLEN, --minlen MINLEN
Filters the reads on a minimal length of the given
range. Also plots the given length/2 of the begin and
end of the reads.
実行方法
nanoQC input.fastq -o OUTDIR
出力
結果はBokehを使いインタラクティブなグラフとして可視化される。
引用
NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data
Wouter De Coster, Svenn D’Hert, Darrin T Schultz, Marc Cruts, Christine Van Broeckhoven
Bioinformatics, Volume 34, Issue 15, 1 August 2018, Pages 2666–2669
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