FMOCは（bwaやbowtieも使っている）FMインデックスを使ったエラー補正の方法論。ハイクオリティなデータセットであるなら、エラー補正能の感度は高いとされる。計算にかかる時間はKarectと同等（karectリンク）。
インストール
cent OSに導入した。
git clone https://github.com/ythuang0522/FMOC.git
cd FMOC/
./autogen.sh
./configure
make -j 8
cd FMOC/
./FMOC -h
$ FMOC
Program: FMOC
Version: 0.0.1
Contact: Yao-Ting Huang [ythuang@cs.ccu.edu.tw]
Usage: FMOE <command> [options]
preprocess filter and quality-trim reads
index build FM-index for a set of reads
correct correct sequencing errors in reads
実行方法
fastqはfastaに変換して使用する。
FMOC preprocess --discard-quality -p 1 R1.fq R2.fq -o InputFile.fa
ペアリードのfastqからfastaが出力される。
次にindexを作成。
FMOC index -t 20 InputFile.fa
エラー補正。
FMOC correct -t 20 -k 31 -K 15 InputFile.fa -o OutputFile.fa
OutputFile.faが出力される。
引用
An efficient error correction algorithm using FM-index
Yao-Ting Huan, Yu-Wen Huang
BMC Bioinformatics. 2017; 18: 524.
