Primiqueは特異的なプライマーを自動設計してくれるツール。高い相同性を持つ遺伝子ファミリーからなるような配列から特異的、または縮退した配列を設計するのに重宝する。
webサーバー
http://cgi-www.cs.au.dk/cgi-chili/primique/front.py
how to use
http://www.cs.au.dk/~chili/primique/about.html
使い方
exampleデータを使ってランする。
Glycine maxの４つの似た遺伝子配列となっている。
プライマーの条件を決める。ここで決めた条件を使い、指定された配列から自動でプライマーが設計される。Submitで探索スタート。
４つの遺伝子それぞれについてプライマーペアがデザインされた。
遺伝子１について見てみる。遺伝子１は２つのプライマーが自動設計された。
どちらも似た長さである。スコアは2811と2806。プライマーの出来に応じてスコアは低下する（最大3000）。
プライマー配列をクリックすると増幅部位が確認できる。
肝心の特異性については各遺伝子のウィンドウ右下のclose matchを確認する。ここでは2 closely matchedをクリックする。
スコアは2811。デザインされたプライマー配列はターゲット以外にも相同性が高い配列を持つことがわかった (FWもRVも)。特にRVは厳しい。
Max #self-matches、またはLongest self-match runの項目の数値をクリックすると、プライマーダイマーの可能性を検討できる。
右上のNCBIを押すと、nrデータベースに対してblastが実行される（blastがプライマーの短い配列で機能するのか未確認）。
このように、特定のFASTAにだけヒットするプライマーよりが上位に来るようにスコアづけされています。遺伝子ファミリーから特異的なプライマーを設計するのに役立つと思います。外側の余分な配列は、読み込み前にトリムしておいたほうがいいでしょう。
引用
Primique: automatic design of specific PCR primers for each sequence in a family.
Fredslund J, Lange M.
BMC Bioinformatics. 2007 Oct 3;8:369.
