レポジトリより
これはPCRプライマーを作成するための小さくて簡単なツールである。用途はDNAアセンブリである。Primer3の代わりにプライマーを選択する理由は以下の通り：
- 特徴：GibsonアセンブリーやGolden GateクローニングのようなDNAアセンブリーフローに特化している。プライマーの5'末端に配列を付加しながらプライマーを設計できる。
- シンプルさ： 小さくてシンプルなPython CLI/ライブラリで、依存関係は1つ（seqfold）。インストールが簡単で使いやすい。
- インターフェース：Biopython Seqクラスのプライマーを受け入れて作成する。他のアプリケーションとの統合を容易にするためにJSONを出力する。
- ライセンス: コピーレフトなGPL v2ライセンスではなく、寛容でビジネスフレンドリーなMITを採用。
インストール
#PyPI
pip install primers
> primers -h
usage: primers [-h] [--version] {score,create} ...
Create or score PCR primers
positional arguments:
{score,create}
score score existing primers
create create primers to amplify a sequence
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--version show program's version number and exit
> primers score -h
$ primers score -h
usage: primers score [-h] [-s SEQ] [-t SEQ] [-j | --json | --no-json] primer [primer ...]
positional arguments:
primer primer sequences
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-s SEQ the sequence that was amplified
-t SEQ sequence to check for off-target binding sites
write the primers to a JSON array
> primers create -h
$ primers create -h
usage: primers create [-h] [-f SEQ] [-fl INT INT] [-r SEQ] [-rl INT INT] [-t SEQ] [-j | --json | --no-json] SEQ
positional arguments:
SEQ create primers to amplify this sequence
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-f SEQ additional sequence to add to FWD primer (5' to 3')
-fl INT INT space separated min-max range for the length to add from '-f' (5' to 3')
-r SEQ additional sequence to add to REV primer (5' to 3')
-rl INT INT space separated min-max range for the length to add from '-r' (5' to 3')
-t SEQ sequence to check for off-target binding sites
write the primers to a JSON array
実行方法
primersは、長さ、tm、GC比、二次構造、オフターゲット結合を最適化しながらペアを選ぶ。最も単純なケースでは、増幅したい配列を渡すだけでデザインできる。
primers create CTACTAATAGCACACACGGGGACTAGCATCTATCTCAGCTACGATCAGCATC
出力例
設計するプライマーの5'末端を任意の配列にする（ターゲットにはない配列；例えば制限酵素でカットされる配列など）。
primers create CTACTAATAGCACACACGGGGACTAGCATCTATCTCAGCTACGATCAGCATC -f GGG -r CCC
- -f additional sequence to add to FWD primer (5' to 3')
- -r additional sequence to add to REV primer (5' to 3')
5'末端に付加する最適な部分配列を選択させたい場合、-fl or -rlでmin-maxサイズを指定する。
primers create CTACTAATAGCACACACGGGGACTAGCATCTATCTCAGCTACGATCAGCATC -fl 2 5 -f CCCCC
-
-fl INT INT space separated min-max range for the length to add from '-f' (5' to 3')
-
-rl INT INT space separated min-max range for the length to add from '-r' (5' to 3')
CLIでは固定のデザインパラメータが適用されますが、pythonのコマンドプロンプトではPrimer3の任意の設定を適用してプライマーを設計する事ができます。レポジトリで簡単な例が説明されています。
ほか、レポジトリより
- 通常、オフターゲット結合部位は避けるべきである。primersでは、オフターゲット結合部位とは、プライマーの3'末端の最後の10ベアペアに<= 1のミスマッチがある部位を指す。この定義は実験的に支持されている：Wu, J. H., Hong, P. Y., & Liu, W. T. (2009). Wu, J. H., Hong, P. Y., & Liu, W. T. (2009).
- デフォルトでは、プライマーはcreate(seq)に渡されたseqパラメータ内のオフターゲットをチェックする。しかし、オプションのofftarget_check引数（CLIの場合は-t）に別の配列を渡すと、プライマーを別の配列に対してチェックすることができる。これはプラスミドのような大きなDNA配列の一部をPCRするときに便利である。
- "--json"フラグは、JSON形式でプライマーを表示し、スコアリングの詳細を表示する。
引用
https://github.com/Lattice-Automation/primers
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