UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る (ID mapping)

2020 2/4 追記

UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。

Converting UniProt identifiers to external identifers (or vice versa)

https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/uniprot-exploring-protein-sequence-and-functional/how-use-uniprot-tools/batch-retrieval-id--0

使い方

Retrieve/ID mapping

https://www.uniprot.org/uploadlists/ にアクセスする。

Retrieve/ID mappingの使い道はたくさんあるが、ここでは、UniProtのaccessions IDからタンパク質のアノテーションを得るために利用する。Uniprotをデータベースとして、Diamondによるblast検索を実行して得たtabularファイルになる。

IDをペーストする。

入力フォーマットを指定する。

次に出力フォーマットを指定する。ここではUniprotKBを指定（またはGene name）。

出力された。

結果は様々な形式でダウンロードできる。

excel形式でダウンロードしてexcelで開いた。

追記

Uniprot propteomeへのDIAMOND blastx検索結果をクエリにする

UniProtKB => Uniref100

出力

引用

Retrieve/ID mapping

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