2020 2/4 追記
UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。
Converting UniProt identifiers to external identifers (or vice versa)
使い方
Retrieve/ID mapping
https://www.uniprot.org/uploadlists/ にアクセスする。
Retrieve/ID mappingの使い道はたくさんあるが、ここでは、UniProtのaccessions IDからタンパク質のアノテーションを得るために利用する。Uniprotをデータベースとして、Diamondによるblast検索を実行して得たtabularファイルになる。
IDをペーストする。
入力フォーマットを指定する。
次に出力フォーマットを指定する。ここではUniprotKBを指定(またはGene name)。
出力された。
結果は様々な形式でダウンロードできる。
追記
Uniprot propteomeへのDIAMOND blastx検索結果をクエリにする
UniProtKB => Uniref100
出力
引用
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