macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

イルミナのエラーコレクションツール QuorUM

 

QuorUMはMaSuRCAなどにも組み込まれているエラーコレクションパイプライン。

 

インストール

Github

https://github.com/gmarcais/Quorum

brewで導入できる( macではエラーになったのでubuntu14.4にlinuxbrewで入れた)。

 

> quorum --help 

user$ quorum --help

/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/quorum [options] .fastq [.fastq]+

    

Run the quorum error corrector on the given fastq file.

 

Options:

 -s, --size              Mer database size (default 200M)

 -t, --threads           Number of threads (default number of cpus)

 -p, --prefix            Output prefix (default quorum_corrected)

 -k, --kmer-len          Kmer length (default 24)

 -q, --min-q-char        Minimum quality char. Usually 33 or 64 (autodetect)

 -m, --min-quality       Minimum above -q for high quality base (5)

 -w, --window            Window size for trimming

 -e, --error             Maximum number of errors in a window

     --min-count         Minimum count for a k-mer to be good

     --skip              Number of bases to skip to find anchor kmer

     --anchor            Numer of good kmer in a row for anchor

     --anchor-count      Minimum count for an anchor kmer

     --contaminant       Contaminant sequences

     --contaminant-trim  Trim sequences with contaminant mers

     --h-bash: nts$: command not found

 

 

ラン

quorum -s 50M -t 12 -k 24 -q 33 input1.fq input2.fq -p output
  • -s Mer database size (default 200M)
  • -t Number of threads (default number of cpus)
  • -p Output prefix (default quorum_corrected)
  • -k Kmer length (default 24)
  • -q Minimum quality char. Usually 33 or 64 (autodetect)

 

エラー補正されたfastqとmerファイルが出力される。

 

 

引用

QuorUM: An Error Corrector for Illumina Reads.

Marçais G, Yorke JA, Zimin A.

PLoS One. 2015 Jun 17;10(6):e0130821. doi: 10.1371/journal.pone.0130821. eCollection 2015.