LoRMAはPacbioなどのロングリードのエラーコレクションツール。ロングリードのエラーコレクションは、ショートリードを使ったハイブリッドなエラーコレクション法とロングリード自身を使ったエラーコレクション法が報告されている。LoRMAは後者に属する方法で、de brujinのgraphを使い、ロングリード自身で２段階のエラー補正を行う（LoRDECを使いk-merサイズに分解したロングリードによりエラー補正→２段階目LoRMAでエラー補正）。
インストール
cent OSに導入した。
依存
- LoRDEC
LoRDECは別に紹介しています（リンク）。
公式HP
https://www.cs.helsinki.fi/u/lmsalmel/LoRMA/
ソースを公式HPからダウンロードして解凍、ビルドする。
cd LoRMA-0.4/
mkdir build; cd build; cmake ..; make
cd ../
./lorma.sh #動作確認
#bioconda (link)
conda install -c bioconda -y lorma
build$ ./lorma.sh
Usage: ./lorma.sh [-s] [-n] [-start <19> -end <61> -step <21> -threads <6> -friends <7> -k <19>] *.fasta
-s saves the sequence data of intermediate LoRDEC steps
-n skips LoRDEC steps
> ./LoRMA
build]$ ./LoRMA
ERROR: Option '-discarded' is mandatory
ERROR: Option '-output' is mandatory
ERROR: Option '-reads' is mandatory
[LoRMA options]
-bestfriends (1 arg) : Number of best friends [default '3']
-friends (1 arg) : Number of friends [default '7']
-k (1 arg) : kmer length [default '31']
-discarded (1 arg) : output file for discarded reads
-output (1 arg) : output file for corrected reads
-reads (1 arg) : file(s) of long reads
-nb-cores (1 arg) : number of cores [default '1']
-verbose (1 arg) : verbosity level [default '1']
実行方法
lorma.shをランすると、 k-merを変えながら繰り返しLoRDECを動かしエラー補正を行う。それからLoRDEC付属のツールでトリムし、補正されたリードだけ出力する。それを今回のLoRMAに読み込み、２回目の補正が行われる。
lorma.sh -start 19 -end 61 -step 21 -k 19 pacbio.fasta
- -start <int> k for the first LoRDEC step (default: 19)
- -end <int> upper limit for k for the LoRDEC steps (default: 61)
- -step <int> the increase of k between the LoRDEC steps (default: 21)
- -k <int> k value for running LoRMA (default: 19)
- -s save sequence data of the intermediate LoRDEC steps
- -n do not run LoRDEC steps
並列化に対応しているが、１スレッド増やすとかなりのメモリーを使うので注意。
引用
Accurate self-correction of errors in long reads using de Bruijn graphs
Leena Salmela, Riku Walve, Eric Rivals, and Esko Ukkonen
Bioinformatics. 2017 Mar 15; 33(6): 799–806.
参考パワーポイント
