RNAseqの定量
2020 8/15 condaによるインストールとhelp追記 2021 8/6 リンク消去 HTSeqはNGSデータの各種ハンドリングができるツール。ここではその１つhtseq-countコマンドを紹介する。htseq-countはリードのアライメントデータからカウントデータを出力するために使う…
2019 6/19 インストール追記 2019 6/19 追記 2019 8/14 help追加 2019 8/15 run log追加 2020 11/1 コマンド追加 RNA reqのリードカウントツールを紹介する。 featureCounts ダウンロード sourceforgeリンク https://sourceforge.net/projects/subread/files…
2019 4/30 インストール方法修正 2022 1/23 追記 発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください…
