Trinityに付属するスクリプトrun_DE_analysis.plを使うと、BioconductorのRパッケージを使って発現変動遺伝子群を同定して分析することができる。Trinityのabundance_estimates_to_matrix.plなどを使って得た発現行列ファイルを使う。 手順はTrinityのマニュ…

Trinityに付属するスクリプトPtRは、生物学的複製が十分に相関していることを確認し、またサンプル間の関係を調査するためのユーティリティツールである。Trinityのabundance_estimates_to_matrix.plなどを使って得た発現量の行列ファイルを使う。Trinityの…