2018-01-21から1日間の記事一覧
transfuseは、フィルターを満たすtranscriptsをクラスタリングし、融合したtranscriptsを作るツール。複数のRNA のアセンブルツールで合成されたtranscriptsをマージし、よりハイグレードなtranscriptsを作るために用いられる。現在、論文準備中とされる。 …
2019 2/15 動画リンク追加 2020 4/19 インストール追記, help更新 2020 4/29 論文アブスト追記 RNA-seqリードからトランスクリプト の豊富さを定量化する軽量な手法であるSalmonを紹介する。Salmonは、新しい二相並列推論アルゴリズムと特徴量の多いバイアス…
#2018 9/20 brew によるインストールとprimer3のコマンド追加 2018 10/22 わかりにくい部分を修正 2020 3/9 インストール手順修正 2020 3/18 誤字修正 2021 4/18 インストール手順修正 Primer3_maskerは、ゲノムに対してk-mer頻度のデータベースを構築し、プ…
2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新(v2.1) 2020 12/9 unmapを出力するようにコマンドを修正, 再びhelp更新(v4.2) 次世代シーケンシング(NGS)技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディン…
古いDNAが断片化したサンプルからのシーケンスが増えている。しばしば数万年前のサンプルからも抽出される古代のサンプルのDNAは断片化が起きており、うまくDNAを抽出してもサイズが100-bpを超えることは滅多にない。短いDNAをペアードエンドでシーケンスす…