ハイスループット次世代シーケンシング技術の登場とアセンブリアルゴリズムの改良により、膨大なゲノムデータがパブリックドメインに蓄積されるようになった。これらの技術は、大規模な比較ゲノム研究への参入を可能にし、特に種間で保存されたシンテニーブロックの同定を可能にし、ゲノム組織における保存と変化の進化的重要性の研究を促進している。シンテニーの構築と可視化には、シンテニー解析パイプラインのための入力ファイルを準備するための計算およびバイオインフォマティクスのスキルが必要である。魚類のシンテニー情報はまだ幼い段階にあり、異なる研究領域に散在している。ここでは、ウェブベースのツール "Evol2Circos "を紹介する。このツールは、シンテニー構築と可視化のためにユーザー固有のデータを解析するためのユーザーフレンドリーなグラフィカルユーザーインターフェース（GUI）を提供し、Circos、デュアル、ドットプロットを用いて異なる魚類のシンテニー情報を容易に閲覧することができる。また、このツールから生成された情報は、さらに下流の解析に利用することができる。Evol2Circosソフトウェアツールは、Ubuntu Linuxでテストされている。ウェブブラウザ、ソースコード、ドキュメント、ユーザーマニュアル、サンプルデータセット、スクリプトはオンラインで入手できる。
Help
https://mail.nbfgr.res.in/evole2circos/builder.php
流れだけ簡単に紹介します。
https://mail.nbfgr.res.in/evole2circos/index.html にアクセスする。
１、Evol2Circos Browserタブ
Evol2Circosブラウザでは、データベース内のファイルを閲覧し、データベース内の各種族間のシンテニーを分析、視覚化できる。
ゲノムを選択してsubmitする。
出力
bar synteny graph
dual synteny graph
dot plot
２、Evol2Circos Builderタブ
ユーザーがアップロードしたBLASTファイルとgffファイルについて、McScanxを使用してシンテニー解析を行う。結果の視覚化にはCircosを使用する。
HPより
シンテニー解析は、染色体レベルで特性化されたゲノム間、または染色体レベルとスキャフォールドレベルの間のゲノム間で行うことが推奨される。自分のBLASTやGffの結果をアップロードするには、アカウントを作成する必要がある。登録するには 登録リンクをクリックする。
引用
Evol2Circos: A Web-Based Tool for Genome Synteny and Collinearity Analysis and its Visualization in Fishes
Manmohan Pandey, Basdeo Kushwaha, Ravindra Kumar, Prachi Srivastava, Suman Saroj, Mahender Singh
Journal of Heredity, Volume 111, Issue 5, July 2020, Pages 486–490
