ゲノムとゲノムのアライメントを視覚化する方法の１つに、両方のゲノムのアライメントの概要を提供するドットプロットがある。一般的なゲノムブラウザ（IGVやUCSCゲノムブラウザなど）が1つの次元でゲノムデータをプロットするのとは異なり、ドットプロットでは、一方の軸にリファレンスゲノムが配置され、もう一方の軸にクエリのゲノムが配置される。 2つのゲノム間のアライメントは、両方のゲノムの座標に従って配置される。
DNAnexusインタラクティブなドットプロットビューアDotは、ラージゲノムをすばやくプロットできる。ユーザーは関心ある領域にズームインして、２ゲノム間のアラインメントを調べることができる。
Dot: An Interactive Dot Plot Viewer for Comparative Genomics
https://blog.dnanexus.com/2018-01-11-dot-an-interactive-dot-plot-viewer-for-comparative-genomics/
Meet Dot: An Interactive Dot Plot Viewer for Comparative #Genomics https://t.co/sZJIJH9Snl Learn more at #PAG18
— DNAnexus, Inc. (@dnanexus) 2018年1月12日
ヘルパースクリプト
> python DotPrep.py -h
$ python DotPrep.py -h
usage: DotPrep.py [-h] --delta DELTA [--out OUT]
[--unique-length UNIQUE_LENGTH] [--overview OVERVIEW]
Take a delta file, apply Assemblytics unique anchor filtering, and prepare
coordinates input files for Dot
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--delta DELTA delta file
--out OUT output file
--unique-length UNIQUE_LENGTH
The total length of unique sequence an alignment must
have on the query side to be retained. Default: 10000
--overview OVERVIEW The number of alignments to include in the coords.idx
output file, which will be shown in the overview for
Dot. Default: 1000
on line
1, nucmer （オプションなしで実行する）
nucmer --prefix=nucmer_output ref_genome.fa query_genome.fa
2, helper scriptのラン（必要に応じてパラメータ設定する）
python DotPrep.py --delta nucmer_output.delta --out OUTPUT
出力
https://dnanexus.github.io/dot/にアクセスする。.coordsとindexファイルを読み込む。
視覚化された。直感的に操作できるので説明は省略する。
引用
GitHub - MariaNattestad/dot: Dot: An interactive dot plot viewer for comparative genomics
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