細菌の全ゲノムシークエンシング（WGS）は診断検査における日常的な手法となっている。WGSの臨床的に最も有用な利点の1つは、細菌配列中の抗菌薬耐性遺伝子（ARG）や移動性遺伝要素（MGE）を予測できることである。これにより、このような遺伝的特徴を包括的に調査することが可能になるが、疫学調査にも利用できる。細菌DNA配列の詳細なアノテーションのために、rapid annotation using subsystem technology (RAST)、Resfinder、ISfinder、INTEGRALL、The Transposon Registryなど、数多くのソフトウェアが開発されている。しかし、残念ながら、ARGとMGEを組み合わせた信頼性の高いアノテーションツールは今日まで利用されておらず、genbankファイルの生成には多くの手入力が必要である。ここでは、ARG、インテグロン、トランスポーザブルエレメントを同時にアノテーションできる新しいウェブサーバーを紹介する。このパイプラインは、比較ゲノム解析のためのEasyfigと互換性のあるgenbankファイルを自動的に生成する。このBacAntコードとスタンドアロンソフトウェアパッケージは、https://github.com/xthua/bacant、付随するウェブアプリケーションはhttp://bacant.netで利用できる。
https://github.com/xthua/bacant
ここではwebアプリケーションを紹介します。
http://bacant.net/BacAnt/にアクセスする。
細菌ゲノムのFastaファイルかGenBankファイルを指定する。ここでは下の方にリンクがあるexample.fastaを使用する。
データベースやパラメータを指定する。メールアドレス記入は必須となっている。
SUBMITをクリックしてサブミットする。サーバーが中国にあるため日本からだと少し遅いが、細菌ゲノム1個だと1分以内にはサブミットできる（その間ページは更新されないが待つ）。提出されると、解析は10秒前後で終わる。
ゲノムのARGとMEGがBLASTプログラムによって探索される。データベースの配列と最も一致する配列はidentityとcoverageでフィルターされる。デフォルトの閾値は、identityについては90％、coverageについては60％となっている。
出力例
引用
BacAnt: A Combination Annotation Server for Bacterial DNA Sequences to Identify Antibiotic Resistance Genes, Integrons, and Transposable Elements
Xiaoting Hua, Qian Liang, Min Deng, Jintao He, Meixia Wang, Wenjie Hong, Jun Wu, Bian Lu, Sebastian Leptihn, Yunsong Yu, Huan Chen
Front Microbiol. 2021 Jul 23:12:649969
