Githubより
bam-lorenz-coverageはBAMファイルから直接ローレンツプロットやカバレッジプロットを簡単に作成できるフリーソフトです。また、テーブルをテキスト文書として出力することができるので、カスタムプロットを作成することも可能です。また、特定の領域のみを解析することも可能です。
インストール
condaで環境を作ってテストした（ubuntu18使用）。
mamba create -n bam-lorenz-coverage python=3.8 -y
conda activate bam-lorenz-coverage
git clone https://github.com/yhoogstrate/bam-lorenz-coverage
cd bam-lorenz-coverage
python setup.py install
> bam-lorenz-coverage --help
$ bam-lorenz-coverage --help
Usage: bam-lorenz-coverage [OPTIONS] INPUT_ALIGNMENT_FILE
Options:
--version Show the version and exit.
-l, --lorenz-table TEXT Output table Lorenz-curve (for stdout use: -)
-c, --coverage-table TEXT Output table Coverage-graph (for stdout use: -)
-L, --lorenz-svg TEXT Output figure Lorenz-curve (SVG).
-C, --coverage-svg TEXT Output figure Coverage-graph (SVG).
-s, --stats TEXT Output additional stats to text-file
-r, --region TEXT Scan depth only in selected region <chr:from-to>
(all positions: 1-based)
-b, --bed-regions TEXT Scan depth only in selected positions or regions
(BED file: start: 0-based & end: 1-based)
--help Show this message and exit.
実行方法
（RNA seqの）bamファイルを指定する。
bam-lorenz-coverage input.bam -L Lorenz.SVG -C Coverage.SVG -l Lorenz.table -c coverage.table
オプションを使う事で、ほかのカバレッジ曲線をプロットすることもできます。サンプル間のカバレッジの均一性を調べるために利用できます。
引用
Fusion transcripts and their genomic breakpoints in polyadenylated and ribosomal RNA–minus RNA sequencing data
Youri Hoogstrate, Malgorzata A Komor, René Böttcher, Job van Riet, Harmen J G van de Werken, Stef van Lieshout, Ralf Hoffmann, Evert van den Broek, Anne S Bolijn, Natasja Dits, Daoud Sie, David van der Meer, Floor Pepers, Chris H Bangma, Geert J L H van Leenders, Marcel Smid, Pim J French, John W M Martens, Wilbert van Workum, Peter J van der Spek, Bart Janssen, Eric Caldenhoven, Christian Rausch, Mark de Jong, Andrew P Stubbs, Gerrit A Meijer, Remond J A Fijneman, Guido W Jenster
GigaScience, Volume 10, Issue 12, December 2021
参考
