macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-04-19から1日間の記事一覧

KEGG KOデータベースでKO IDの機能的情報を取得する

タイトルの通りです。KO (KEGG Orthology) のリストから情報を取得するには、KO (KEGG ORTHOLOGY) Databaseのトップページにアクセスするのが手っ取り早いです。 https://www.genome.jp/kegg/ko.htmlにアクセスする。 KO IDを入力する。手持ちのKO IDのタイ…

NCBI SRAで検索する時のtips

NCBI SRAでは公開されているシークエンシングデータを検索し、必要であればダウンロードできる。 metagenomeと検索してみると4,566,384件ヒットした(2024年4月実行)。 metagenomeと検索したが、16Sがタイトルに含まれるシークエンシングデータがトップヒッ…