bacteria
微生物サンプルの解析は、その多様性と複雑性のために、依然として計算上困難である。ロバストなde novoタンパク質機能予測法の欠如は、これらのサンプルから機能的洞察を導き出すことの難しさを悪化させている。相同性や配列の類似性に依存する従来の予測手…
ゲノムシークエンシングにより、細菌や古細菌の驚くべき多様性が明らかになったが、これらのゲノムを横断的に閲覧するための高速で便利なツールは存在しない。原核生物の多様性の中で、目的のタンパク質のホモログの存在率や、それらのホモログの遺伝子近傍…
遺伝子近傍の解析と比較は、微生物ゲノムの構造、機能、進化を探索するための強力なアプローチである。ゲノムの可視化や比較のためのツールは数多く存在するが、大規模なゲノムデータベースやユーザーが作成したデータセットを横断してゲノムを探索すること…
PHASTEST (PHAge Search Tool with Enhanced Sequence Translation) は、プロファージ検索ウェブサーバーPHASTとPHASTERの後継である。PHASTESTは、細菌ゲノムおよびプラスミド内のプロファージ配列の迅速な同定、アノテーション、視覚化をサポートするよう…
比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…
2023/04/10 タイトル変更 2023/04/11追記 純粋培養やメタゲノムから得られる微生物のゲノム配列の増加は、全ゲノムおよびショットガンシーケンス法の現在の達成可能性を反映している。しかし、ゲノムの可視化のためのソフトウェアは、自動化、異なる解析の統…
TRGdbデータベースは、バクテリアの分類学的制限遺伝子(TRG)に特化したリソースである。最新の細菌分類学に基づき、異なる属や種に特異的な遺伝子を包括的に収集している。ユーザーインターフェースは、ブラウズや検索、配列の類似性探索を容易にする。また…
MediaDive (https://mediadive.dsmz.de) は、専門家が監修した包括的な培養培地データベースで、あらゆる生命領域の4万以上の微生物株について、3200以上の標準培養培地のレシピ、手順、分子組成が収録されている。MediaDiveは、研究・診断ラボでの日常的な…
ゲノムデータの量が増え続ける中、このデータを整理、探索、比較、分析、共有するための体系的な方法の必要性が高まっている。しかし、このようなニーズに対応する適切なプラットフォームがないのが現状である。OpenGenomeBrowserは、ゲノムデータへのアクセ…
https://microbeatlas.org/index.html?action=aboutより メタゲノム配列が決定された大規模なサンプル群を集約的に解析することで、未知あるいは研究が不十分な微生物分類群が存在する典型的な存在量や環境に関する情報を蓄積できる。これにより、未知の微生…
メタゲノム解析はここ数年、目覚しい発展を遂げた。今日、遺伝子配列決定の専門家だけでなく、他の専門分野の多くの研究室が、臨床サンプルや環境サンプルから得られたDNA配列を解析する必要がある。メタゲノム解析データの系統解析は、生物学者やバイオイン…
パンゲノムアプローチは細菌の比較ゲノム解析や進化解析に多く用いられているが、バイオインフォマティシャンのいない生物学者にはまだ難しいため、細菌パンゲノムの探索を容易にする革新的なツールが必要である。PanExplorerは、様々なゲノム解析とレポート…
シンテニー保存性の解析は、原核生物の未知遺伝子の潜在的な機能的役割を調査するための確立された方法論である。しかし、ゲノムコンテキストの再構築と可視化を行うバイオインフォマティクスツールは、通常、計算速度に依存し、狭い分類学上の範囲に限定さ…
DNAシーケンシングの技術進歩に伴い、バクテリアゲノムのショートリードによる全ゲノムアセンブリ(WGA)は、ごく一般的な作業となっている。ゲノムのアセンブリプロセスには絶対的な黄金律がなく、多くの異なるツールを組み合わせて一連のステップを実行す…
近年のハイスループット(メタ)トランスクリプトミクスやプロテオミクスの分野では、単一の遺伝子やタンパク質だけでなく、拡張された生物システムを探索するための簡便で迅速な方法が求められている。遺伝子セットエンリッチメント解析は、遺伝子セット内…
ナノポアシーケンスは長いリードを生成し、特にドラフト細菌ゲノムのアセンブリにおいて、次世代シーケンシングと比較してユニークな利点を提供する。しかし、データの特性やアセンブリアルゴリズムに起因するアセンブリエラーが発生することがある。これら…
VRprofile2は、細菌ゲノム配列中の多様な mobile genetic elementsを高速に同定するパイプラインを更新したものである。前バージョンと比較して、3つの大きな改善がなされた。まず、モザイク構造を持つ多剤耐性領域において、抗生物質耐性遺伝子カセットと様…
組換えは細菌において重要な進化の力であるが、ゲノムサンプルの祖先に起こった組み換えを再構築することは依然として困難である。本発表では、最尤推論を用いて細菌ゲノム中の組換えを検出し、系統樹の再構築に反映させるClonalFrameMLを紹介する。ClonalFr…
原核生物ゲノムのショートリードアセンブリにおける欠損領域は、しばしばシーケンス技術の偏りや繰り返しエレメントに起因するとされ、前者は特定の遺伝子座のシーケンスカバレッジの低さ、後者はde novoアセンブリグラフの未解決ループに起因するとされる。…
2022/05/12 追記 2022/06/03 古いツイートを消去 2022/07/23 preprint引用 2023/10/21 v2.3.2追記 GTDBとその分類ツールであるGTDB-tkは原核生物ゲノムの分類によく使われるようになりました。しかし、GTDB-tkのclassiyコマンドはメモリ要求量が高く、2021年…
遺伝子間の進化的関係を明らかにすることは、比較生物学研究の基本である。ここでは、SHOOTを紹介する。SHOOTは、ユーザからのクエリー配列を系統樹のデータベースと照合し、クエリー配列が正しく配置された系統樹を返す。SHOOTはBLAST検索に匹敵する速度で…
ある細菌遺伝子のゲノム座を株や種を超えて比較することで、後天的な移動性、異なる分類群間での保存の度合い、あるいは遺伝子の水平伝播事象の示唆など、その進化に関する洞察を得ることができる。現在までに数千の細菌ゲノムが利用可能であるが、多数のゲ…
新しいパンゲノムグラフ構造であるpandoraと、バクテリアのパンゲノム全体のバリアントを同定するアルゴリズムを紹介する。バクテリアの適応性の多くは付属ゲノムに依存しているため、コアゲノムだけのSNPを解析する方法では満足のいく結果が得られない。Pan…
2021 11/29 コマンド修正 プロモーターとは、転写装置が結合して特定の遺伝子の転写を開始するゲノム領域のことである。細菌のプロモーターを同定するための計算機ツールは何十年も前から存在している。しかし、これらのツールのほとんどは、1つまたは少数の…
2022/07/09 論文引用 原核生物のゲノムは一般的に遺伝子密度が高く、偽遺伝子(機能していない、あるいは不活性化された遺伝子の残骸)は比較的少ない。しかし、近年の生態系の変化や、共生生物や病原体が経験したような極端な個体数の減少など、特定の状況…
EDGARプラットフォームは、何千もの微生物ゲノムの事前計算されたオルソロジーデータのデータベースを提供するウェブサーバーで、比較ゲノミクスおよび系統学の分野で最も確立されたツールの一つである。EDGARは、事前に計算された遺伝子アラインメントに基…
2021 10/21 論文引用 Githubより Polypolishはショートリードによるゲノムアセンブリを研磨するツールです。このカテゴリーの他のツールとは異なり、Polypolishは各リードが(単一の最適な位置ではなく)すべての可能な位置にアラインメントされたSAMファイ…
Preprintより 原核生物のゲノム進化は、親から子への遺伝物質の垂直伝達と生物間の水平遺伝子伝達の両方によって引き起こされる(ref.1)。細菌の大規模なシーケンシング研究から、種内ゲノム含有量に大規模な違いが生じることが確認されている(ref.2)。こ…
CMSeqは、SegataLabで公開されている、リファレンスのカバレッジ、polymorphic サイト率、BAMからのコンセンサス配列計算のための.bamファイルへのインターフェースを提供するコマンド群。 インストール 依存 Requires: samtools (> 1.x) numpy pysam pandas…
細菌は単細胞の原核生物であり、相互作用から寄生まで様々な共生関係を築くことができる。細菌の病原性に対抗するためには、遺伝子の機能と制御に関する理解を深めることが必要であり、それが新しい抗菌薬の開発につながる。 Gene expressionは遺伝子の機能…