ゲノムデータの量が増え続ける中、このデータを整理、探索、比較、分析、共有するための体系的な方法の必要性が高まっている。しかし、このようなニーズに対応する適切なプラットフォームがないのが現状である。OpenGenomeBrowserは、ゲノムデータへのアクセスを管理し、比較ゲノム解析を劇的に簡素化するためのセルフホスティング可能なオープンソースプラットフォームである。系統樹の作成、遺伝子座の比較、生化学パスウェイの閲覧、遺伝子と形質の照合、ドットプロットの作成、BLAST検索の実行、データへのアクセスを対話的に行うことができる。また、柔軟なユーザー管理システムを備え、モジュラーフォルダ構造により、ゲノムデータやメタデータの整理、解析の自動化もできる。OpenGenomeBrowserは、バクテリア、古細菌、酵母のゲノムを用いてテストを行った。インストールとホスティングを簡単にするために、Dockerコンテナを提供している。OpenGenomeBrowserのソースコード、ドキュメント、チュートリアルはopengenomebrowser.github.ioで、デモサーバーはopengenomebrowser.bioinformatics.unibe.chで自由にアクセスすることができる。
OpenGenomeBrowserは、データベースに依存しないセルフホスティング可能な初の比較ゲノムブラウザである。一般的なバイオインフォマティクスのワークフローを大幅に簡略化し、便利で高速なデータ探索を可能にする。
tutorial
https://opengenomebrowser.github.io/tutorials/
OpenGenomeBrowser: A short introduction
https://www.youtube.com/watch?v=rkWREfcwPKQ
Installation
https://opengenomebrowser.github.io/installation.html
インストール
依存
https://github.com/opengenomebrowser/opengenomebrowser/
opengenomebrowser-tools
https://github.com/opengenomebrowser/opengenomebrowser-tools
#ゲノムデータをOpenGenomeBrowserのフォルダ構造にインポートするためのスクリプト群
pip install opengenomebrowser-tools
#Installationの説明の通り進める
git clone https://github.com/opengenomebrowser/opengenomebrowser-docker-template.git
cd opengenomebrowser-docker-template
./download_demo_db.sh
docker-composeのラン
#Run docker-compose
docker-compose -f production-template.yaml up
https://localhost/にアクセスする。
# open terminal in docker-container
docker exec -ti opengenomebrowser_web bash
# log in as user
$docker (root)# sudo -u user --preserve-env bash
デモ；乳酸菌のゲノム70個を使ったデモンストレーション用のインスタンスが公開されている。
https://opengenomebrowser.bioinformatics.unibe.ch/
クリックするとゲノムにアクセスできる。
Show genomesをクリック。
ゲノムの一覧が表示される。
株名をクリックすると利用可能なメニューが表示される。BLASTサーチなども行うことができる。
Open genome infoをクリックした。
基礎的なゲノム情報も確認できる。
自分らのゲノムからデモのようなウェブデータベースを作成できます。チュートリアルを読んでみてください。
引用
OpenGenomeBrowser: a versatile, dataset-independent and scalable web platform for genome data management and comparative genomics
Thomas Roder, Simone Oberhänsli, Noam Shani & Rémy Bruggmann
BMC Genomics volume 23, Article number: 855 (2022)
