（Prokaryotes）ドラフトゲノムのポリッシングを行う Polypolish

2021 10/21 論文引用

Githubより

Polypolishはショートリードによるゲノムアセンブリを研磨するツールです。このカテゴリーの他のツールとは異なり、Polypolishは各リードが（単一の最適な位置ではなく）すべての可能な位置にアラインメントされたSAMファイルを使用します。これにより、他のアラインメントベースのポリッシャーでは修正できない繰り返し領域のエラーを修正することができます。

wiki

https://github.com/rrwick/Polypolish/wiki

2024/01/17

I've released a new version of Polypolish, my short-read polisher for long-read bacterial genomes: https://t.co/6eWZuWsNkp

Polypolish is now 100% Rust for better performance and easier installation, and I've added --careful for when you REALLY don't want false positives.

— Ryan Wick (@rrwick) 2024年1月17日

When you align short reads to a long-read genome assembly in the 'normal' one-alignment-per-read manner, you often get no coverage over errors in repeats. This is because reads will preferentially align to other error-free instances of the repeat.
(3/12) pic.twitter.com/30b2yII2uP

— Ryan Wick (@rrwick) October 18, 2021

But greedily combining different short-read polishers achieved MUCH lower error counts than were possible with any single tool. Clearly Polypolish can fix errors that other tools cannot and vice-versa.
(6/12) pic.twitter.com/shoM7mSKHX

— Ryan Wick (@rrwick) October 18, 2021

I've just released (during #MicroSeq2021) a new short-read polishing tool for fixing errors in long-read bacterial genome assemblies: Polypolish!https://t.co/6eWZuWJQmp
(1/8) pic.twitter.com/2EvI6s6Wya

— Ryan Wick (@rrwick) 2021年9月9日

ホモポリマーのエラー修正

https://github.com/rrwick/Polypolish/wiki/Alignment-trimming

インストール

Github

git clone https://github.com/rrwick/Polypolish.git
cd Polypolish
cargo build --release
cd target/release/

> ./polypolish

(version 0.4.3)

実行方法

１、ドラフトゲノムアセンブリのfastaにショートリードをマッピングする。

bwa index draft.fasta
bwa mem -t 16 -a draft.fasta reads_1.fastq.gz > alignments_1.sam
bwa mem -t 16 -a draft.fasta reads_2.fastq.gz > alignments_2.sam

２、polypolishの実行

polypolish draft.fasta alignments_1.sam alignments_2.sam > polished.fasta

 動作は非常に高速。5-Mbの細菌ゲノムでテストすると10秒程度で終了した。

FAQも用意されていて、真核生物ゲノムに使えるのかなど書かれています。興味ある方はアクセスしてみて下さい。

引用

https://github.com/rrwick/Polypolish

2021 10/21

Polypolish: short-read polishing of long-read bacterial genome assemblies
Ryan R. Wick,  Kathryn E. Holt

bioRxiv, Posted October 16, 2021

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