Asgan - [As] sembly [G] raphs [An] alyzer - は、アセンブリグラフを分析するためのツールである。 このツールはGFA形式の2つのアセンブリグラフを入力として受け取り、そのグラフの最小セットの相同配列（シンテニーパス）を見つけ、見つかったパスに基づいてさまざまな統計を計算する。
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インストール
ubuntu16.0.4のminiconda3-4.3.30環境でテストした（docker使用、ホストOS macos10.12）。*1
依存
- networkx、decorator等
- graphviz (graph visualization)
conda install -y decorator networkx
conda install -y graphviz
> dot -?
$ dot -?
Usage: dot [-Vv?] [-(GNE)name=val] [-(KTlso)<val>] <dot files>
(additional options for neato) [-x] [-n<v>]
(additional options for fdp) [-L(gO)] [-L(nUCT)<val>]
(additional options for memtest) [-m<v>]
(additional options for config) [-cv]
-V - Print version and exit
-v - Enable verbose mode
-Gname=val - Set graph attribute 'name' to 'val'
-Nname=val - Set node attribute 'name' to 'val'
-Ename=val - Set edge attribute 'name' to 'val'
-Tv - Set output format to 'v'
-Kv - Set layout engine to 'v' (overrides default based on command name)
-lv - Use external library 'v'
-ofile - Write output to 'file'
-O - Automatically generate an output filename based on the input filename with a .'format' appended. (Causes all -ofile options to be ignored.)
-P - Internally generate a graph of the current plugins.
-q[l] - Set level of message suppression (=1)
-s[v] - Scale input by 'v' (=72)
-y - Invert y coordinate in output
-n[v] - No layout mode 'v' (=1)
-x - Reduce graph
-Lg - Don't use grid
-LO - Use old attractive force
-Ln<i> - Set number of iterations to i
-LU<i> - Set unscaled factor to i
-LC<v> - Set overlap expansion factor to v
-LT[*]<v> - Set temperature (temperature factor) to v
-m - Memory test (Observe no growth with top. Kill when done.)
-m[v] - Memory test - v iterations.
-c - Configure plugins (Writes $prefix/lib/graphviz/config
with available plugin information. Needs write privilege.)
-? - Print usage and exit
本体 Github
git clone --recurse-submodules https://github.com/epolevikov/Asgan
make -C Asgan/lib/minimap2
> python asgan.py -h
$ python asgan.py -h
usage: asgan.py [-h] [--input-query INPUT_QUERY] [--input-target INPUT_TARGET]
[--out-dir OUT_DIR]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--input-query INPUT_QUERY
--input-target INPUT_TARGET
--out-dir OUT_DIR
テストラン
2つのアセンブリのGFAファイルを指定する。
cd Asgan
python asgan.py \
--input-query=test/NCTC9016-Flye.gfa \
--input-target=test/NCTC9016-Canu.gfa \
--out-dir=output
テストデータはCanuとflyeのアセンブリ結果のGFAを指定している。graphvizに対応したgzファイル(.dot)が出力される。
stats
synteny_paths.txt
視覚化
cd output/
dot -Tpng -O adjacency_graph_query.gv
dot -Tpng -O adjacency_graph_target.gv
adjacency_graph_target.gv.png
下の図は、フォワードのパスが実線、リバースのパスが破線で表されている。ターゲット（ここではcanu）のアセンブリグラフパスは、フォワードが-2, -1, -4, +3、リバースが-3, +4, +1, +2のパスになっている。
adjacency_graph_query.gv.png
クエリとターゲットのパス番号は対応している。番号がついていない黒い線はターゲットのcanuには対応しないパスで、リピート解像されていない。
アセンブルを真面目に考えたい人にとっては便利なツールですね。まだ開発中のようですが、早めに紹介しました。Documentationが出てきたら詳細を追記します。
引用
GitHub - epolevikov/Asgan: A tool for analysis of assembly graphs
https://zenodo.org/record/3198701#.XQ3v8C_ANts
参考
https://dev.classmethod.jp/tool/graphviz-beginner/
Ubuntu – Package Search Results -- graphviz
*1
仮想環境でテストしましたが、導入時トラブりました。いきなり本番環境にいれないほうがいいと思います。
