fastqのクオリティレポートを出力する qrqc

qrqcは

qrqcはリードのクオリティや配列の分布をレポートできるRのパッケージ。1000-bp以下のfastqに対応している。同様の目的で使用されるツールとしてfastqcがある。

インストール

Rにて

## try http:// if https:// URLs are not supported 
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("qrqc")

マニュアル

browseVignettes("qrqc")

ラン

Rにて

library(qrqc)
fq <- readSeqFile("input.fastq")#10%ランダムサンプリングしてfastqを読み込み

読み込まれたfastqの情報を確認する。

fq

> fq

Quality Information for: input.fastq

261774 sequences, 233067 unique with 0.10 being sampled

mean quality: 36.101300

min sequence length: 35

max sequence length: 301

レポートを出力。

makeReport(fq)

フォルダにhtmlのレポートファイルが出力される。

f:id:kazumaxneo:20170828213815j:plain

f:id:kazumaxneo:20170828213823j:plain

f:id:kazumaxneo:20170828213820j:plain

f:id:kazumaxneo:20170828213833j:plain

f:id:kazumaxneo:20170828213840j:plain

f:id:kazumaxneo:20170828213846j:plain

TruseqのNNN..配列が残存している。

k-mer分布。

kmerKLPlot(fq)

f:id:kazumaxneo:20170828214631j:plain

gcPlot(fq) + geom_hline(yintercept=0.5, color="purple")

f:id:kazumaxneo:20170828215149j:plain

引用

macでインフォマティクス