fasta.faiから作る。
samtools faidx input.fasta
awk '{print $1 "\t0\t" $2}' input.fasta.fai > output.bed
pip install pyfaidx
faidx --transform bed input.fasta > output.bed
ヒトゲノムhg19ならこのようなbedができる。
user$ head hg19.bed
chr1 0 249250621
chr2 0 243199373
chr3 0 198022430
chr4 0 191154276
chr5 0 180915260
chr6 0 171115067
chr7 0 159138663
chr8 0 146364022
chr9 0 141213431
chr10 0 135534747
引用
Shirley MD, Ma Z, Pedersen B, Wheelan S. Efficient "pythonic" access to FASTA files using pyfaidx. PeerJ PrePrints 3:e1196. 2015.
https://github.com/mdshw5/pyfaidx
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