macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

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データベースのゲノム情報とAMR耐性/感受性情報から細菌のAMR表現型を予測する VAMPr

2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance(AMR)は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入した場合でも、ア…

WGSのリードから倍数体ゲノムのゲノムサイズやヘテロ接合度を推定する GenomeScope 2.0

2020 3/21 コマンドの修正と結果追記、タイトル修正、誤字修正 2020 3/23 誤字修正 ゲノムシーケンシングは、現代の分子生物学の不可欠な部分となっている。ただし、利用可能な分析方法の大半は、染色体レベルのリファレンスゲノムと詳細なアノテーションが…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…

blast結果をインタラクティブなヒートマップで視覚化する BLASTmap

植物と病原体の相互作用の結果を決定する多数の遺伝子が現在発見されている。たとえば、免疫受容体、感受性因子、病原体エフェクター、およびそれらの宿主標的など。ターゲットエンリッチメントシーケンスは、遺伝子型固有のゲノムアセンブリを最初に生成す…

アセンブリ結果を評価するwebサービス gVolante

全ゲノムやトランスクリプトームなどの包括的な配列情報へのアクセスが増加するとともに、それらの品質を評価する必要性が高まっている。N50などのシーケンス長に基づくメトリックが標準になったが、これはアセンブリ品質の1つの側面のみを評価する。逆に、…

scientific dataのインタラクティブな視覚化ツール BPG interactive visualization of scientific data

生物学的実験はますます大きく、多面的なデータセットを生み出している。そのようなデータを探索して観察結果を伝達することはますます困難になっており、堅牢な科学的データ視覚化の必要性は加速している[ref.1、2、3、4]。特にWebベースのインタフェースや…

指定したCOG近傍の遺伝子を視覚化するwebサービス COGNAT

2020 2/27 コメント追加 原核生物のゲノムでは、機能的に結合した遺伝子を保存された遺伝子クラスターに組織化して、それらの協調的な調節を可能にしている。このようなクラスターには、1つまたは複数のオペロンが含まれる可能性がある。これは、同時転写さ…

HMMを使ったKEGG IDsアノテーションwebサービス KofamKOALA

KofamKOALAは、事前に計算された適応スコアしきい値を持つプロファイル隠れマルコフモデル(KOfam)のデータベースに対する相同性検索により、KEGGオーソログ(KO)をタンパク質配列に割り当てるWebサーバである。 KofamKOALAは、既存のKO assignmentツール…

オルガネラゲノムなどの小さなゲノム配列を比較し、相同/非相同な遺伝子を視覚化するwebサービス geneCo

比較ゲノミクスは、主に生物間の共通の特徴の非常に詳細な視覚化の作成に焦点を当てている。比較ゲノミクスの主な原則は、基本的な生物学的類似性または遺伝子レベルでの生物間のDNAシーケンスから生じるゲノム機能の違いを比較することである。ゲノム機能に…

パスウェイデータベース PathBank

2020 2/11 誤字修正 パスウェイマップは、分子生物学のロードマップである。ロードマップが村、町、都市間のつながりを示すように、パスウェイマップは遺伝子、タンパク質、代謝産物間のつながりを示す。よく描かれたパスウェイマップは、複雑な分子プロセス…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間よりもオーソロガス遺伝…

KEGGのパスウェイアノテーションwebサービス KAAS

2020 2/6 タイトル修正 近年、完全(complete)なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…

HMMを使用してメタゲノムの遺伝子を見つけるwebサービス MetaHMM

大規模な臨床および環境のメタゲノムデータセットの高速で手頃なシーケンスにより、医療およびバイオテクノロジーのアプリケーションにおける新しい視野が開かれている。今日、地球上の微生物の約1%しか記述できていないと考えられており、メタゲノム解析は…

UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る

2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…

インタラクティブなdot plotビューア dot

ゲノムとゲノムのアライメントを視覚化する方法の1つに、両方のゲノムのアライメントの概要を提供するドットプロットがある。一般的なゲノムブラウザ(IGVやUCSCゲノムブラウザなど)が1つの次元でゲノムデータをプロットするのとは異なり、ドットプロット…

MPI Bioinformatics ToolkitのHHpredとMODELLER webサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)は、タンパク質バイオインフォマティクス分析のための無料のワンストップWebサービスである。現在、相互接続された34の外部ツールと内性ツールを提供しており、その機能には、配列類似性検索…

ローカルBLASTをGUI環境で実行できる Sequenceserver

2020 1/25 タイトル修正、統合TVリンク追加 シーケンシングコストの劇的な低下により、個人や研究者グループが以前に研究されていない生物からゲノムまたはトランスクリプトーム配列を生成する多くの機会が生まれている。多くの研究の疑問には、小規模または…

circosVCF

1000米ドル未満で全ゲノムをシーケンスするという目標が現実になり、医療における全ゲノムシーケンス利用が次第に増えている。 Genomics England (http://www.genomicsengland.co.uk/)などの大規模ゲノムプロジェクトは、数千のゲノムから収集された情報を…

オルガネラゲノムのアノテーションを行うwebサービス AGORA

生物学のビッグデータにとって、次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーは注目すべき時代であり、生物学のハイスループットゲノムデータの蓄積につながっている。生物学者がさまざまな生物から高スループットのゲノムデータを取得できたとしても、ゲノムア…

真核生物のゲノムプロジェクトにおいて共同研究者と共にアノテーションを効率的に進めるためのwebサービス GenSAS

2020 1/9 タイトル修正 Genome Sequence Annotation Server(GenSAS、https://www.gensas.org)は、構造的および機能的アノテーション、および手動キュレーションのための安全なWebベースのゲノムアノテーションプラットフォームである。 GenSASは、ユーザー…

HMMER web server

シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル(HMM)の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…

膜タンパク質の推定膜貫通領域などのフィーチャを視覚化する Protter

biological sequences内の特徴の視覚化は、シーケンシングデータの統合分析および解釈に不可欠である。豊富なfeature annotations(例:遺伝子、プロモーター)および実験的証拠(例:RNA-Seq読み取り)のコンテキストでゲノムDNAなどの核酸配列を視覚化する…

CRISPR arrayを探すwebサービス CRISPRDetect

CRISPR-Casシステムは、バクテリオファージやプラスミドなどの外来遺伝物質からの保護を提供する原核生物の適応免疫システムである。特異性は、侵入するDNAまたはRNAを認識する短い非コーディングRNA(crRNA、CRISPR RNAと呼ばれる)によって提供される。こ…

既知生合成遺伝子クラスターのデータベース MIBiG 2.0

植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…

IRIS-EDA(立ち上げだけ紹介)

生物学的システムの統合モデルを構築し、疾病を予防または治療するための実現可能な戦略を考案するには、適切な実験計画法とインタラクティブなインタフェースを備えた高度な計算ツールが必要である。 RNA-Seqは膨大な量の遺伝子発現データを作成しており、…

GenBankから配列やアノテーションを取り出すWebサービス FeatureExtract

イントロン/エクソン構造、プロモーター領域の内容、上流域および下流域における他の遺伝子の位置など、DNA配列の特徴のアノテーションに簡単にアクセスできることは、多くの生物学的問題に取り組むことが非常に有益である。たとえば、遺伝子内のイントロン…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…