macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

web tool

circosVCF

1000米ドル未満で全ゲノムをシーケンスするという目標が現実になり、医療における全ゲノムシーケンス利用が次第に増えている。 Genomics England (http://www.genomicsengland.co.uk/)などの大規模ゲノムプロジェクトは、数千のゲノムから収集された情報を…

オルガネラゲノムのアノテーションを行うwebサービス AGORA

生物学のビッグデータにとって、次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーは注目すべき時代であり、生物学のハイスループットゲノムデータの蓄積につながっている。生物学者がさまざまな生物から高スループットのゲノムデータを取得できたとしても、ゲノムア…

真核生物のゲノムプロジェクトにおいて共同研究者と共にアノテーションを効率的に進めるためのwebサービス GenSAS

2020 1/9 タイトル修正 Genome Sequence Annotation Server(GenSAS、https://www.gensas.org)は、構造的および機能的アノテーション、および手動キュレーションのための安全なWebベースのゲノムアノテーションプラットフォームである。 GenSASは、ユーザー…

HMMER web server

シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル(HMM)の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…

膜タンパク質の推定膜貫通領域などのフィーチャを視覚化する Protter

biological sequences内の特徴の視覚化は、シーケンシングデータの統合分析および解釈に不可欠である。豊富なfeature annotations(例:遺伝子、プロモーター)および実験的証拠(例:RNA-Seq読み取り)のコンテキストでゲノムDNAなどの核酸配列を視覚化する…

CRISPR arrayを探すwebサービス CRISPRDetect

CRISPR-Casシステムは、バクテリオファージやプラスミドなどの外来遺伝物質からの保護を提供する原核生物の適応免疫システムである。特異性は、侵入するDNAまたはRNAを認識する短い非コーディングRNA(crRNA、CRISPR RNAと呼ばれる)によって提供される。こ…

既知生合成遺伝子クラスターのデータベース MIBiG 2.0

植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…

IRIS-EDA(立ち上げだけ紹介)

生物学的システムの統合モデルを構築し、疾病を予防または治療するための実現可能な戦略を考案するには、適切な実験計画法とインタラクティブなインタフェースを備えた高度な計算ツールが必要である。 RNA-Seqは膨大な量の遺伝子発現データを作成しており、…

GenBankから配列やアノテーションを取り出すWebサービス FeatureExtract

イントロン/エクソン構造、プロモーター領域の内容、上流域および下流域における他の遺伝子の位置など、DNA配列の特徴のアノテーションに簡単にアクセスできることは、多くの生物学的問題に取り組むことが非常に有益である。たとえば、遺伝子内のイントロン…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…

biological sequences専用のイラストレーター IBS

簡潔で、繊細で正確な画像は、説明だけよりも大きな利点がある。さまざまな機能要素を備えた生物学的シーケンスのグラフィカルな表現は、分子生物学的機能の調査の過程で得られた科学的発見の効率的な導入と解釈のための基本である。現在、生物学者は主にMic…

microbialの遺伝子コンテキストを視覚化するwebサービス MGcV

保存された遺伝子コンテキストは、多くのタイプの比較ゲノム解析で使用される。遺伝子機能のリードを提供し、調節配列の発見を導くだけでなく、代謝ネットワークの再構築を支援するために使用さされる。 Microbial Genomic context Viewer(MGcV)は、バクテ…

publication品質の近傍遺伝子描画webサービス Gene Graphics

遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には…

全ゲノムシーケンスしたバクテリア/アーキアのゲノム配列のblastサービス BLAST-XYPlot Viewer

現在、数千の完全にシーケンシングされた細菌および古細菌のゲノムが公開リポジトリで利用可能であり、この数は急速に増加している。この情報は、徹底的な比較ゲノム研究の達成を可能にする。配列類似性を検索するために最も広く使用されているツールの1つは…

Ensemblの Variant Effect Predictor (VEP)

2019 11/10 タイトル修正 ゲノムまたはエクソームシーケンシングから生じるバリアントデータの分析は、クリニックでの基礎研究からトランスレーショナルゲノミクスまで、生物学の進歩の基本である。機能を調査し、標準化された治療に基づく医療システムから…

プラスミドの分析と視覚化のwebサービス Plasmid ATLAS

2019 11/8 pATLASflow紹介リンク追加 プラスミドは、mobile genetic elements(MGE)として分類されるchromosome外遺伝因子であり、細菌間で自己複製および転移する能力があるため、遺伝子の水平伝播において極めて重要な役割を果たしている(ref.1〜3)。プ…

植物の生合成遺伝子クラスターを予測するwebサービス plantiSMASH

バクテリア、菌類、植物は、それぞれが関与する多様な生物間相互作用において、地球全体で独自の特定の生態学的役割を持つ特殊な代謝産物の非常に多様性を生み出している。この多様な特殊な代謝は、医薬品、農業、製造業で広く使用されている天然物の豊富な…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

NCBI submission用にGenBankをテーブル形式に変換する GB2sequin

一般的なウェットラボのユーザーは、ベクターNTI Advance(Life Technologies、Invitrogen、Carlsbad、CA、USA)またはLasergene SeqBuilder(DNASTAR、Madison、WI、USA)などの市販のシーケンス可視化およびアノテーションソフトウェアを使用して、プラス…

ゲノムを分類、クラスタリングし、視覚化する JGI-GenomeConstellation

2019 11/3 タイトル修正 これまでに特定されていない分類群を含む分類群の分類は、南極の乾燥した谷にある永久に氷に覆われた湖を含む、記載されていない生息地の微生物群集を特徴付ける重要なタスクである。現在の監視された系統発生ベースの方法は、そのよ…

GTDBのオンライン系統樹 AnnoTree

2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定(ref.1)、遺伝子の進化的起源の…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 Preprintより 過去数年のシーケンスされた微生物ゲノムの急速な拡大により、ゲノム配列に基づいた詳細な分類の構築が可能になった(Segata et al、2013; Hugenholtz et al、…

eggNOG データベース

eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い進化的タイムスケ…

パンゲノム解析を行うためのprokaryotesゲノム情報のデータベース proGenomes2

2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した(ref.1–3)。過去20年以上にわたり、シークエ…

microbiome研究のためのプラットフォーム iMicrobe

iMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング(HPC)メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回…

ウィルス専用の遺伝子予測webツール Vgas

2019 10/22 タイトル修正 ウイルス感染によって引き起こされるヒト感染症の治療のためのウイルスゲノム研究の途方もない価値のために、Webサーバーやデータベースを含む多くのウイルス情報学リソースが開発された(Sharma et al、2015)。 RefSeqデータベー…

(植物など)ゲノムアセンブリとアノテーションのクオリティを分析するwebサーバー GenomeQC

過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し、ゲノムサイズ、構…

メタゲノムのtaxonomic assignmentと定量を行う CCMetagen

環境試料および宿主関連試料(メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス)のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…

バクテリア/アーキアの高速なアノテーションパイプライン DFAST

2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプラインDFASTを開発した。 DFASTは元々オンラインアノテー…