macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

遺伝子近傍の保存性を調べる FlaGs

 

 オペロンや遺伝子群の進化を理解し、機能的な関連を予測するためには、異なる進化段階における遺伝子近傍の保存性を解析することが重要である。このツールFlaGs(Flanking Genesの略)は、NCBIのタンパク質アクセッションのリストを入力とし、近傍にコードされたタンパク質を高感度配列検索により相同グループにクラスタリングし、近傍遺伝子とその保存性をグラフ化して出力し、さらに近傍遺伝子保存性を注釈とする系統樹を出力する。FlaGsは、原核生物とバクテリオファージにおける新しい毒素-抗毒素系を発見し、分子進化学的解析に有用であることを実証した。FlaGsのウェブツール版(webFlaGs)は、オプションで縮小RefSeqデータベースに対するBLASTP検索を含むことができ、入力アクセッション・リストの生成と近傍保存の分析を同じ実行内で行うことができる。FlaGsは、https://github.com/GCA-VH-lab/FlaGs からダウンロードするか、http://www.webflags.se/ でオンライン実行できる。

 

Manual(PDF)

http://130.239.193.227/html/FlaGs_Manual.pdf

 

 

Github


webサービス

http://130.239.193.227/html/webFlaGs.htmlにアクセスする。

このツールは、近傍にコードされたタンパク質をhomologous groupsにクラスタリングし、グループの同一性、遺伝子近傍とその保存性のグラフを表示する。オプションとして、近傍遺伝子の保存性についてアノテーション付き系統樹を出力する。

 

2つの利用方法がある。1つは、NCBIでのBlastPまたはPSI-Blast検索の結果からFlaGsの入力ファイルを作成するもので、マニュアルに従ってアクセッションリストを得る。

もう1つはwebFlaGsの縮小版BLASTデータベースを利用する方法で、リンク先のフォームからBLASTを実行し、FlaGs用の入力ファイル(最大1000配列まで)を作成することができる。

http://130.239.193.227/html/webFlaGsBP.html

 

ジョブのリクエストに失敗します。ランできたら追記します。

引用

FlaGs and webFlaGs: discovering novel biology through the analysis of gene neighbourhood conservation 
Chayan Kumar Saha, Rodrigo Sanches Pires, Harald Brolin, Maxence Delannoy, Gemma Catherine Atkinson
Bioinformatics, Volume 37, Issue 9, 1 May 2021, Pages 1312–1314