macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

MethylDackel

Bisulfite-seq methylation analysis

 

　MethylDackel（以前の名前はPileOMethで、これはMETHylationメトリクスを抽出するためにPILEupを使用していたための仮の名前だった）は、何らかの形でBS-seqのアラインメントを含む、座標順にソートされ、インデックスが付けられたBAMまたはCRAMファイルを処理し、そこから塩基ごとのメチル化メトリクスを抽出する。

MethylDackelは、すべてのシトシンを3つの配列コンテクストのいずれかにグループ化する。CpG、CHG、およびCHHである。ここで、HはG以外のヌクレオチドを表すIUPACの曖昧さを表すコードであり、参照配列中にNが見つかった場合、そのコンテキストは適切にCHGまたはCHHに割り当てられる（例えば、CNGはCHGコンテキストに、CNCはCHHコンテキストに分類される）。シトシンが染色体／コンティグの末端に十分近く、そのコンテクストが推測できない場合は、CHHに分類される（例：染色体の最後の塩基としてのシトシンはCHHコンテクストにあるとみなされる）。

 

インストール

依存

  • A C compiler, such as gcc, htslib (at least versions 1.11, earlier versions are not compatible) and libBigWig are required. For libBigWig, the static library is used.

Github

#conda (link)
mamba install -c bioconda methyldackel -y

>  MethylDackel -h

$ MethylDackel -h

MethylDackel: A tool for processing bisulfite sequencing alignments.

Version: 0.6.0 (using HTSlib version 1.12)

Usage: MethylDackel <command> [options]

 

Commands:

    mbias    Determine the position-dependent methylation bias in a dataset,

             producing diagnostic SVG images.

    extract  Extract methylation metrics from an alignment file in BAM/CRAM

             format.

    mergeContext   Combine single Cytosine metrics from 'MethylDackel extract' into

             per-CpG/CHG metrics.

    perRead  Generate a per-read methylation summary.

 

 

実行方法

MethylDackelは、参照ゲノムを含むインデックス付きのfastaファイルも使う。

MethylDackel extract reference_genome.fa alignments.bam

 出力のalignments_CpG.bedGraphは標準的なbedGraphファイルで、4列目はある位置にメチル化されたCが存在することを示すリード/リードペアの数、5列目はメチル化されていないCが存在することを示す数である。

 

Githubより

  • MethylDackel は、デフォルトでは CpG コンテキストの Cytosine に対してのみ測定値を算出するが、CHG および CHH コンテキストの Cytosine に対しても測定値を計算することができる(--CHH および --CHG オプションを参照)。
  • CpGに含まれるCytosineを無視したい場合は、--noCpGを指定するだけ。メトリックの種類ごとに、異なるファイルに出力される。
  • per-CpGおよび/またはper-CHG（per-Cytosineではなく）の測定値については、以下の「Per-CpG/CHG測定値」を参照してください。
  • MAPQとPhredスコアに基づいてリードと塩基をそれぞれフィルタリングすることができる。デフォルトの最小値は MAPQ >= 10 および Phred >= 5だが、-q および -p オプションで変更できる。--OT、--OB、--CTOT、--CTOBオプションを用いて、メチル化バイアス（後述）を考慮することもできる。
  • Bismap mappabilityデータのbigWig（-Mオプションを使用）が与えられた場合、メチル化コールをサポートするには低すぎるmappabilityスコアを持つリードを除外することができる。デフォルトの設定では、mappability ≥ 0.01の塩基が15個以下の場合、リードは拒否されるが、-tおよび-bオプションで設定できる。
  • このmappabilityデータは、BBMファイルから読み込むこともできる。BBMファイル（"Binary BisMap "の略）は、MethylDackelが使用しているbigWigのデータを独自に圧縮したもので、bigWigよりも高速に読み込むことができ、また、使用するディスク容量も少なくて済む。MethylDackel extractの実行時に-Oまたは-Nオプションを指定してこれらのファイルを作成し、-Bオプション（-Mの代わり）を使って読み込める。

 

引用

GitHub - dpryan79/MethylDackel: A (mostly) universal methylation extractor for BS-seq experiments.