2019 10/30 引用追加
Multiple sequence alignment （MSA）は、biological sequencesの比較分析において重要なステップである。著者らは、MAFFT [論文より ref.1、2]を使用してウェブ上のMSAを計算するためのオンラインサービスを提供する。 MAFFTには、何千ものシーケンスからなる大規模なMSAを計算するためのいくつかの異なるオプションがある。著者らのサービスには、前処理および後処理MSA用のいくつかの追加機能（interactive sequence selectionとphylogenetic inference）もある。また、これらの処理は必要に応じて循環的に行える。この論文では、最近追加された機能やオンラインサービスの使用に関するヒントなど、これらの機能の使用方法について説明する。
MAFFTはマルチプルアライメントを行うツール。長期にわたって改良が続けられており、2018年7月現在のバージョンは7となっている。MAFFT online serviceの詳細な使い方は論文に書かれているので、ここでは簡単な流れを紹介する。
使い方
MAFFT online serviceにアクセスする。
https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/
ウィンドウに配列をペーストするか、ファイル選択ボタンからアップロードする。
パラメーターを決めたらsubmitボタンを押す。ここではdefaultの設定でランする。
記載されたコマンド条件で解析される。Progress (in a new window)のクリックで進捗を確認できる。
終わると結果の画面に自動で移行する。
マルチプルアライメント後、そのまま他のオンラインサービスを利用できる。
- View (pubmed): MSAViewer（webと親和性の高いMSAビューア）によるマルチプルアライメント結果の確認。
- Reformat: to GCG, PHYLIP, MSF, NEXUS, uppercase/lowercase, etc. with Readseq
- GUIDANCE2（pubmed）: computes the residue-wise confidence scores and extracts well-aligned residues.
- Refine :機能不明
- Phylogenic tree: 系統樹を作成する。
パラメータを選択する。defaultの設定で進む。
分子系統樹が描かれる。
他にも複数のMSAをマージしたり追加する機能があります。詳細は下の画像のリンク先からどうぞ。
merge
こちらのMABというオンラインサービスではマルチプルアライメントにMUSCLEが使われています。本サービスと同様、最後に分子系統樹が出力されます。
他に有名なものだとEMBL-EBIのサービスがあります。
MAFFTをターミナルで使う場合は以前の記事を参考にしてください。
引用
MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization
Katoh K, Rozewicki J, Yamada KD.
Brief Bioinform. 2017 Sep 6.
MSAViewer: interactive JavaScript visualization of multiple sequence alignments
Yachdav G, Wilzbach S, Rauscher B, Sheridan R, Sillitoe I, Procter J, Lewis SE, Rost B, Goldberg T
Bioinformatics. 2016 Nov 15;32(22):3501-3503. Epub 2016 Jul 13.
GUIDANCE2: accurate detection of unreliable alignment regions accounting for the uncertainty of multiple parameters
Itamar Sela, Haim Ashkenazy, Kazutaka Katoh, and Tal Pupko
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1; 43(Web Server issue): W7–W14.
2019 10/30追加
MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization
Kazutaka Katoh, John Rozewicki, Kazunori D Yamada
Briefings in Bioinformatics, Volume 20, Issue 4, July 2019, Pages 1160–1166
