macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ユーザーフレンドリーなデータ可視化ウェブサーバー ImageGP

 

 データの可視化は,研究者の間で結果を説明し,知識を共有するために重要な役割を果たす.しかし、多くの可視化ツールは十分なコーディング経験を必要としたり、特殊な用途のために設計されていたり、無償でなかったりする。ここでは、生物・化学データの可視化に特化したプラットフォームであるImageGPを紹介する。ImageGPは、一般的な入力内容で、線、棒、散布図、箱、集合、ヒートマップ、ヒストグラムなどの汎用プロットを、使いやすいインタフェースで生成することができる。通常、ImageGPを使った作図は、マウスを数回クリックするだけで済む。一部のプロットでは、データを貼り付けて送信をクリックするだけで、可視化結果を得ることができる。さらに、ImageGP では、カスタマイズ可能な要件に対応するため、最大 26 のパラメータを提供する。ImageGPは、ボルケーノプロット、ほとんどのオミックスデータ解析のための機能エンリッチメントプロット、その他マイクロバイオーム解析のための4つの専門的なプロットも含んでいる。2017年以来、ImageGPは5年近く稼働し、世界中から336,951の訪問者にサービスを提供している。合わせて、ImageGP(http://www.ehbio.com/ImageGP/)は、実験研究者がウェットラボとドライラボから生成されたデータを包括的に可視化し、解釈するための効果的かつ効率的なツールである。

 

レポジトリ

 

Manual

http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/Manuals.html

More functions in the updated version of ImageGP

BIC - Bioinfo Intelligent Cloud

 

webサービス

http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/index.htmlにアクセスする。

 

Bar plotを見てみる。

 

 

Demoをクリックするとdemoデータが貼り付けられる。どのようなデータを用意すればよいのか理解しやすくなっている。

 

Wide formatかLong formatかも選べる。

Wide format

Long format

 

変数などのパラメータを指定する。遺伝子についての棒グラフを、IDごとにstackした状態で作る。

 

色を指定する場合、プロットする変数の種類だけ指定する必要がある。

 

他のパラメータも指定できる。Layputはグラフの形状に影響を与える。

 

PLOTをクリックすると視覚化される。結果はPDF形式でダウンロードできる。

 

Upset view

 

Density Plot

Histgram

Sankey diagram

PCoA plot

Venn diasgram

Manhattan plot

 

GO Enrichment Plot

 

LEFSe

 

他にもいくつかの可視化方法が利用できます。アクセスしてみて下さい。

引用

ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers
Tong Chen,Yong-Xin Liu,Luqi Huang

iMeta, First published: 21 February 2022