taxonomic assignment
2018 タイトル修正, 説明追加, step5エラー修正 2019 データベース作成ケアレスミス修正, ヒートマップ追加, インストールコマンド修正 2020 gzip圧縮fastqは使えないことを追記, インストール手順修正, salmonの定量ステップ修正 2021 4/27,4/28 dockerリン…
メタゲノム研究の例として、ヒト腸のシーケンシング解析（Korpela et al、2016）、ヒトの皮膚（Bzhalava et al、2014）、水生生態系（Bork et al、2015）、食物（Ripp et al、2014 ）、土壌（Fierer et al、2012）および空中の微生物（Barberánet al、2015）…
微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…
2019 1/17 タイトル修正 2019 4/16 condaインストール 2019 4/19 ダウンロード方法追記 2019 5/9 パラメータ追記 2019 5/13 test追加 2020 4/16 help更新 アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発…
2018 10/7 タイトル修正 、11/20 conda追加、12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新, 2033/09/26 コマンドの一部更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNA…
2018 10/7 タイトル修正 Metagenomicsとは、興味ある環境から得られたゲノム研究であり、例えばヒトの体内（Huttenhower and Human Microbiome Project Consortium、2012）、海水（Venter et al。、2004）、酸性雨排水（Tyson et al 、2004）などが例として…
伝統的なウイルス同定法は単離および培養に依存しており、時間がかかるだけでなく、多くのウイルスおよび宿主が培地で増えないため実行不可能なことも多い。 2004年に登場したNGSの技術により、ウイルスとその存在量を迅速に測定することが可能になった。ウ…
2018 10/6 タイトル修正 2018 11/17 簡単なテスト追加 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 10/15リンク追加 krakenは2014年に発表されたメタゲノムデータの分類手法。fastqまたはfastaの入力からk-merの配列に分解し、構築したデータベースにアライメントを行…
2019 5/17 condaインストール追記、イントロ文章修正、 2019 7/2タイトル修正 2019 7/4 インストール追記 2019 7/6 インストール追記タイトル修正、誤解を招く文章を削除 2019 10/8 インストール追記 2020 8/24 condaインストール追記 2021 7/16 mambaに変更…
