ProFeatMapは、ドメイン、繰り返し配列、翻訳後修飾の位置などのタンパク質の特徴を、カスタマイズ可能なグラフィカルな2Dマップに素早く表示する、Pythonベースの直感的なウェブサイトである。ProFeatMap は、ユーザー定義のタンパク質リストから出発して、Uniprot データベースから主要なタンパク質の特徴を自動的に抽出する。その結果得られる高品質のマップは、これまで見過ごされていた、しかし研究プロジェクトに有用と思われる特徴の冗長性など、洞察を得るのに役立つ。ProFeatMap はウェブ上で自由にアクセスできる: https://profeatmap.pythonanywhere.com/
利用可能性 ソースコードは GPL ライセンスのもと https://github.com/profeatmap/ProFeatMap で自由にアクセスできる。
Guide
User Guide,pdfはHPとレポジトリからダウンロードできる。
インストール
https://profeatmap.pythonanywhere.com/にアクセスする。
Step1、タンパク質リストをアップロードする。
アップロードするタンパク質リストには、Uniprotのアクセッションコードとユニークなタンパク質名が必要。下の写真は右端のList exampleからダウンロードした.xlsxファイル。
ProFeatMapはこれらのコードに基づいてUniprotからデータを取得する。タンパク質名は識別子として使用され、最終的なマップに表示される。
タンパク質リストを含む.xlsxファイルをアップロードする。
表が表示される。Xマークをクリックすると特定の行だけ排除できる。Normal runボタンをクリックし、終了を待つ。
Step2、特徴抽出に進む。step2セクションに移動し、Runボタンをクリックする。
Step 3 をスキップして、tep 4 に進む。
Shapes and colorsテーブルの上にある、AUTOMATIC feature selectionボタン（写真の画面中央左付近にある黄色の歯車ボタン）をクリックすると表が表示される。
視覚化設定を確認後、表の下の方にあるRun ボタンをクリックする。
表示された。
画像はPNG形式でダウンロードできる。
引用
ProFeatMap: a customizable tool for 2D feature representation of protein sets
G. Bich, E. Monsellier, G. Travé, Y. Nominé
bioRxiv, Posted April 14, 2022
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