macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

タンパク質セットの2次元の特徴を表現するカスタマイズ可能なwebツール ProFeatMap

 

 ProFeatMapは、ドメイン、繰り返し配列、翻訳後修飾の位置などのタンパク質の特徴を、カスタマイズ可能なグラフィカルな2Dマップに素早く表示する、Pythonベースの直感的なウェブサイトである。ProFeatMap は、ユーザー定義のタンパク質リストから出発して、Uniprot データベースから主要なタンパク質の特徴を自動的に抽出する。その結果得られる高品質のマップは、これまで見過ごされていた、しかし研究プロジェクトに有用と思われる特徴の冗長性など、洞察を得るのに役立つ。ProFeatMap はウェブ上で自由にアクセスできる: https://profeatmap.pythonanywhere.com/

利用可能性 ソースコードGPL ライセンスのもと https://github.com/profeatmap/ProFeatMap で自由にアクセスできる。

 

Guide

User Guide,pdfはHPとレポジトリからダウンロードできる。

 

インストール

Github

 

 

webサービス

https://profeatmap.pythonanywhere.com/にアクセスする。

 

 

Step1、タンパク質リストをアップロードする。

 

アップロードするタンパク質リストには、Uniprotのアクセッションコードとユニークなタンパク質名が必要。下の写真は右端のList exampleからダウンロードした.xlsxファイル。

ProFeatMapはこれらのコードに基づいてUniprotからデータを取得する。タンパク質名は識別子として使用され、最終的なマップに表示される。


タンパク質リストを含む.xlsxファイルをアップロードする。

表が表示される。Xマークをクリックすると特定の行だけ排除できる。Normal runボタンをクリックし、終了を待つ。

 

Step2、特徴抽出に進む。step2セクションに移動し、Runボタンをクリックする。

 

Step 3 をスキップして、tep 4 に進む。

 

Shapes and colorsテーブルの上にある、AUTOMATIC feature selectionボタン(写真の画面中央左付近にある黄色の歯車ボタン)をクリックすると表が表示される。

 

視覚化設定を確認後、表の下の方にあるRun ボタンをクリックする。

 

表示された。

画像はPNG形式でダウンロードできる。

 

引用

ProFeatMap: a customizable tool for 2D feature representation of protein sets
G. Bich, E. Monsellier, G. Travé, Y. Nominé

bioRxiv, Posted April 14, 2022

 

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