illumina-utilsはpythonで記述されたilluminaのシーケンスデータのユーティリティツール。オーバーラップしたペアリードのmergeやクオリティフィルタリングを行うことができる。 インストール Github sudo pip install illumina-utils 実行方法 raw fastqのd…

2017 8/29追記 2019 4/16 誤字修正 ゲノム解析の検証方法やベンチマーク方法の障害は、サンプルゲノムの突然変異の状況についての「根拠のある真実」がわかっていて完全に検証されている参照データセットがほとんどないことである。さらに、本物のヒトゲノム…

2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2019 8/7 help追加 2019 8/8 stats追記 2020 3/18 help更新 2021 ツイート追加（対応するバージョンを使っている人は注意） 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能と…

2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記、 2020 2/1 間違ったdockerリンク消去 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表され…

2020 5/25 docker link追加、ヘルプ追加、分かりにくい文章の修正 murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなど…