sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。
インストール
https://github.com/najoshi/sabre
git clone https://github.com/najoshi/sabre.git
cd sabre/
make
./sabre #動作確認
> ./sabre pe
$ ./sabre pe
Usage: sabre pe -f <paired-end fastq file 1> -r <paired-end fastq file 2> -b <barcode file> -u <unknown barcode output file 1> -w <unknown barcode output file 2>
Options:
-f, --pe-file1, Input paired-end fastq file 1 (required, must have same number of records as pe2)
-r, --pe-file2, Input paired-end fastq file 2 (required, must have same number of records as pe1)
-b, --barcode-file, File with barcode and two output file names per line (required)
-u, --unknown-output1, Output paired-end file 1 that contains records with no barcodes found. (required)
-w, --unknown-output2, Output paired-end file 2 that contains records with no barcodes found. (required)
-c, --both-barcodes, Optional flag that indicates that both fastq files have barcodes.
-m <n>, --max-mismatch <n>, Optional argument that is the maximum number of mismatches allowed in a barcode. Default 0.
--quiet, don't print barcode matching info
--help, display this help and exit
--version, output version information and exit
> ./sabre se
o$ sabre se
Usage: sabre se -f <fastq sequence file> -b <barcode file> -u <unknown barcode output file>
Options:
-f, --fastq-file, Input fastq file (required)
-b, --barcode-file, File with barcode and output file name per line (required)
-u, --unknown-output, Output file that contains records with no barcodes found. (required)
-m <n>, --max-mismatch <n>, Optional argument that is the maximum number of mismatches allowed in a barcode. Default 0.
--quiet, don't output matching info
--help, display this help and exit
--version, output version information and exit
パスの通ったディレクトリに移動しておく。
ラン
１、シングルエンド
バーコードのフォーマット
barcode1 barcode1_output_file.fastq
barcode2 barcode2_output_file.fastq
...sabre se -f input_file.fastq -b barcode_data.txt -u unknown_barcode.fastq
２、ペアードエンド
バーコードのフォーマット
barcode1 barcode1_output_file1.fastq barcode1_output_file2.fastq
barcode2 barcode2_output_file1.fastq barcode2_output_file2.fastq
...sabre pe -m 0 -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -b barcode_data.txt -u unknown_barcode1.fastq -w unknown_barcode1.fastq
両方のfastqにバーコードがあるなら、-cのフラグをつける。
引用
https://github.com/najoshi/sabre
