macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GUIツール

(初心者向け)mauveを使ってバクテリアゲノムを比較する

よく似たゲノム同士を直接比較して、変異がある遺伝子を検出したいことがあります。ここでは、コマンドラインのツールや商用ツールに頼らず、GUIで動作するツールを使ってゲノム比較する手順を書いてみます。 1、ソフトのインストール 前にも紹介しましたが…

ゲノムや特定の領域の配列比較結果をシンテニーブロックで視覚化する Easyfig

比較ゲノミクスには、特にシンテニー領域の挿入、欠失、および変異の特定のための、シーケンシングされたゲノムの比較が含まれる。複数のゲノムの特定の領域間のアライメントを視覚化することは、株や種の間の表現型の変化の根底にある遺伝子型の違いを識別…

アラインメントフリーの配列比較GUIツール CAFE

配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global(ref.1)およびlocal(ref.2)シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST(ref.3)のようなアラインメントベースの…

blast結果を視覚化する BlastViewer

BlastViewerツは、NCBI BLASTソフトウェアの結果をグラフィカルに表示することを目的として開発されたツールである。詳細はGIhutbとwiki参照。 wiki Home · pgdurand/BlastViewer Wiki · GitHub インストール windows10 proとubuntu16.0.4でテストした(いず…

アセンブリのグラフを可視化し、アセンブリの評価・分析を助ける SGTK

2018 11/27 誤字修正 Scaffoldingはすべてのゲノムアセンブリパイプラインの重要なステップである。scaffoldingにより、メイトペアライブラリやロングリードなどのさまざまなタイプのリンケージ情報を使用してコンティグをより長い配列にアラインできる。 こ…

シーケンシングデータのハプロタイプを可視化し、リードを分類する HapFlow

2018 11/3 誤字修正 2019 3/18 freebayes追記 ハイスループットシーケンシング技術の出現により、バクテリア集団のシーケンシングのような新しい実験的アプローチが可能になった。感染は、しばしば同じ種の複数の株を含んでおり(Darch et al、2015; Taylor …

バクテリア間で保存されたシンテシーブロックを探す CSBFinder

ゲノミクス(ゲノム学、ゲノム科学)における重要な問題は、遺伝子がゲノム内でどのように構成されているか、どのような情報がコードされているかである(Rogozin et al、2004)。遺伝子の順序に対する選択圧がない場合、リアレンジメントの繰り返しにより遺…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

Procaryotesの自動アセンブリパイプライン Mypro

Pos 最近の全ゲノムシーケンシング(WGS)技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある(Hasman et al、2014; Rhoads e…

コア遺伝子のアミノ酸配列を使って系統解析を行う bcgTree

DNAシーケンシングデータによる生物の進化的および分類学的関係の再現は、バクテリアにおいて長い歴史を持つ(Cavalier-Smith、1993; Woese and 33Fox、1977; Woese、1987)。バクテリアは形態学的に区別し分類するのが難しく、DNAバーコードと分子系統学が…

メタゲノムのカバレッジやGCを可視化する簡単なwebツール gbtlite

gbtliteは、kbseahさんが作ったメタゲノムのカバレッジやGCのplotを描画してグラフ出力できるwebツール 。 I’ve written up a simple browser-based visualization for rendering coverage-GC% plots, called gbtlite. https://kbseah.wordpress.com/2016/12…

バクテリアのシーケンシングデータ分析ツール GenomePeek

シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI(Benson et al、2009; Sayers et al、2009)、SEEDデータベース(Overbeek、Disz&Stevens、2004)には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…

バクテリオファージのホストを推測する HostPhinder

2012年、世界保健機関(WHO)は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…

Reference-assisted assemblyのツール: CSARをwebで使える CSAR-web

DNAシーケンシング技術の継続的な進歩により、適度なコストでますます多くのゲノムが迅速にシーケンシングできるようになっている(論文より ref.1)。しかしながら、現在のDNAシーケンシングプラットフォームから生成された膨大な数のリードのアセンブリに…

mauveを使いcontigをリファレンスfasta順に並べ替える

2019 6/11追記 http://darlinglab.org/mauve/user-guide/reordering.html より。 インストール mac os 10.13でテストした。 mauveのHPからインストーラーをダウンロードする。 http://darlinglab.org/mauve/download.html ラン 1、起動したらメニューのTools…

バリアントをランク付けする Variant Ranker

変異を特定することは、病気の病因を理解する上で重要である。ハイスループットな次世代ゲノム技術の進歩により、ゲノムシーケンシング、エクソンシークエンシング、RNA-SeqおよびChIP-Seqは、複雑なメンデル症の感受性遺伝子座を同定するための標準となって…

サンガーシーケンシングデータの自動分類とアセンブリを行う AutoSeqMan

DNAシーケンシング技術は、自動サンガーシーケンシング(Sanger et al、1977)から次世代シーケンシング(NGS; Shendure&Ji(2008)およびアセンブリまで革新的な進化を遂げている。NGSは高い処理能力(Schuster、2008)のために支配されているが、高コスト…

DNA解析ソフト3 FasParser2

2019 1/17 タイトル修正 FasParser1 abstract シーケンスデータを操作するために、「FasParser」と呼ばれるコンピュータソフトウェアパッケージを開発した。これはパーソナルコンピュータで様々な分析を行うことができるソフトウエアで、その機能には、カウ…

プライマーを自動設計したり、プライマー全アニーリング部位を確認できる FastPCR

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、分子生物学の基本であり、核酸増幅に使用される最も重要な実験技術である。(一部略) 増幅反応を引き起こすための熱サイクリングに依存しない多くの等温増幅技術も開発されている。 そのような技術の1つは、鋳型DNAをオリ…

スタンドアロンのGUI環境で動作する抗生物質耐性遺伝子検索ツール SSTAR

Antimicrobial resistance(AR)は、近年急速に増加する現象であり、世界的な公衆衛生上の重大な脅威である(論文より ref.1,2)。 EnterobacteriaceaeやPseudomonasのような新興のカルバペネム系抗生物質耐性バクテリアは、多くの治療法を無効にしているた…

ゲノムビューア Genomeview

コスト削減と性能向上のために、ハイスループットシークエンシングや次世代シークエンシング(NGS)マシンは世界中の数十のゲノム研究所で数百万の配列を生産している(論文より ref.1-4)。 NGSデータのアプリケーションは多様であり、例えば、NGSは、大規…

CircosをWeb上 で利用できる ClicO FS

Circos(Krzywinski et al、2009)(HP)は、ビジュアルデータを環状形式で表現するPerl言語ベースのツールである。ネイティブのCircosソフトウェアは、コマンドラインインターフェイス(CLI)を介して提供されている。ソフトウェアのインストールと設定は、…

メタゲノムを分類し、結果を可視化する Taxonomer

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…

バクテリアゲノムを各featureとともに描画するwebツール CiVi

環状ゲノム表現は、ゲノム全体のデータを包括的に検査する優れた方法を提供する。 CGView(論文より Stothard and Wishart、2005)、GenomeVx(Conant and Wolfe、2008)、GeneWiz(Hallin et al、2009)およびDNAPlotter(Carver et al、2009)を含む環状視…

様々なインフォマティクスツールを簡単に実行できるサイバー環境 CyVerse

2019 1/10 追記 Cyberinfrastructureは、直訳するとサイバー空間のインフラとなる。計算科学の分野では大規模な計算化学の課題に対する解決策を提供するもの、というような意味で使われている(wiki)。CyVerseはこのCyberinfrastructureを提供する、様々な…

VCFのフィルタリングを行うGUIツール FMFilter

遺伝病研究における次世代技術の使用が普及している。 exomeおよび全ゲノムシーケンシングが利用可能になると、データの解析と解釈が必要になる。遺伝病の研究に使えるVarSifter [論文より ref.1]、GEMINI [ref.2]、GeneTalk [ref.3]、CanvasDB [ref.4]、Exo…

NGSデータから素早くバクテリアの分析を行う MICRA

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術は多くの微生物学的問題に対処するための費用対効果の高い便利なアプローチとして浮上し、この分野を大きく変えている。完全なゲノム情報にアクセスすることは、微生物学における基礎研究に革命をもたらし、例えば…

倍数体のfractionation biasを視覚化する FractBias

全ゲノム重複(WGD)などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複(サブゲノム)に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける(Langham…

マイクロサテライトの高速検索を行うGUIツール Krait

一般にsimple sequence repeats(SSR)またはsimple tandem repeats(STR)とも呼ばれるマイクロサテライトは、1〜6bpの単位長の短いタンデム反復DNA配列である。マッピングや集団遺伝学、法医学検査および系統解析(Ellegren 2004; Vieira et al、2016)に…

GUIで操作できるVCFのフィルタリング・分析ツール VCF.Filter

次世代シークエンシングは疾患関連遺伝子変異体の発見を容易にし、ルーチンの臨床診療における遺伝子診断に広く使用されている。Variant call format(VCF)は、医療遺伝学の研究および診断からの遺伝子変異データを報告するためのコミュニティ標準となって…