macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GO enrichment analysis

GO enrichmet解析結果を視覚化する MonaGO

2020 11/10 誤字修正 MonaGOは、遺伝子オントロジー(GO)エンリッチメント解析を実行し、結果を可視化するための直感的でインタラクティブな応答性の高いインターフェイスを提供する、新しいウェブベースの可視化システムである。MonaGOは、ダイナミックな…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR その2

2020 9/6 誤解を招く説明を修正 1回目の続きになります。今回はEnrichment のツールを簡単に紹介していきます。 Enrichment 2つのアプリケーションが利用できる。 解析フローはこの手順を踏襲したものになっている。こちらを読めばどんなコマンドを実行して…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

GO annotation分析ウェブサービス WEGO2

2020 4/26 タイトル修正 WEGO (Web Gene Ontology Annotation Plot) は、2006年に発表された、GO (Gene Ontology) のアノテーション結果を可視化、比較、プロットするためのシンプルで便利なツールである。ハイスループットシーケンシングの急速な発展とGOの…

全工程が自動化された高速なRNA seq解析webサービス RaNA-Seq(60以上のモデル生物に対応)

2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…

植物遺伝子のファミリー分類とエンリッチメント解析を行うwebサービス GenFam

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術を用いたゲノムスケールの研究では、様々な実験条件で発現が異なる遺伝子のリストが作成されている。これらの遺伝子リストは、下流の機能的遺伝学的解析を導くために、生物学的に関連する遺伝子と関連する機能を絞…

インタラクティブなGOエンリッチメント解析webサービス ShinyGO

2019年最後の投稿になります。今年もお世話になりました。来年もどうぞよろしくお願い致します。 ゲノムワイドな研究で特定された一連の遺伝子について、遺伝子オントロジー(GO)によって定義されたものなど、特定のパスウェイまたは機能カテゴリの遺伝子が…

DAVIDデータベース

2019 10/20 誤字修正 2019 10/26タイトル修正 従来の生物学的研究アプローチでは、通常、一度に1つの遺伝子またはいくつかの遺伝子を研究する。対照的に、ハイスループットゲノム、プロテオミクス、およびバイオインフォマティクススキャニングアプローチ(…

NCBI GEO のRNA-seqデータを分析する GREIN

RNA-seqデータセットをGene Expression Omnibus(GEO)およびSequence Read Archive(SRA)のリポジトリに保存すると、公開されている研究の再現性が保証され、再利用が容易になる。これらのデータの再分析は、新しい科学的洞察をもたらす可能性があり、新し…

GOアノテーション間の関係と類似性を調べるwebサーバー NaviGO

遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙(以後、term)として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…

GO enrichment解析データベース agriGO v2.0

2019 6/13 追記 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である(ref.1)。Biological processes(BP)、molecular functions(MF)、cell components(CC)に…

OrthoVenn2

注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…

インタラクティブなRNA seq解析webアプリケーション iDEP

2019 5/23 tweet追記 2019 9/26 動画追加 2019 11/30 ツイート追記 2019 12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 8章補足資料リンク追加 RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ますます低コストで、ライブ…

rRNAを除く SortMeRNA

2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新 次世代シーケンシング(NGS)技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディング型とノンコーディング型の両方のRNAを特徴づける断片が混在している。これらを区別し…