GO enrichment analysis
RNA-seqデータセットをGene Expression Omnibus（GEO）およびSequence Read Archive（SRA）のリポジトリに保存すると、公開されている研究の再現性が保証され、再利用が容易になる。これらのデータの再分析は、新しい科学的洞察をもたらす可能性があり、新し…
遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙（以後、term）として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…
2019 6/13 追記 2022 1/7 補足追加 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である（ref.1）。Biological processes（BP）、molecular functions（MF）、cell c…
注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…
2019 5/23 tweet追記、9/26 動画追加、11/30 ツイート追記、12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 ８章補足資料リンク追加、12/15 ツイート追加 2024/04/04 論文追加引用 RNAシークエンシング（RNA-Seq）[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術とな…
2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新（v２.１） 2020 12/9 unmapを出力するようにコマンドを修正, 再びhelp更新（v４.２） 次世代シーケンシング（NGS）技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディン…
